空间基因表达解决方案

作者 | 周运来

男，

一个长大了才会遇到的帅哥，

稳健，潇洒，大方，靠谱。

一段生信缘，一棵技能树。

生信技能树核心成员，单细胞天地特约撰稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。

细胞和它们在组织之间的关系对于理解正常发育和疾病病理学是至关重要的。Visium 空间基因表达解决方案允许研究空间分辨的全转录组 mRNA 表达，同时在同一组织切片中捕获组织学信息。使用该解决方案，可以将基因表达谱映射回原来的位置，为组织和基因表达复杂性提供了新的观点，因为它适用于癌症、免疫肿瘤学、神经科学、发育生物学等领域的研究。

技术可达：

将空间中的（切片）的全转录组分析与形态学内容相结合，补充单细胞基因表达信息。
通过绘制所有基因表达的位置，获得疾病复杂性的完整视图，用无偏分析（为什么不翻译成无监督分析）发现新的目标。

图 1. Visium 空间基因表达解决方案的工作流程图。将新鲜冷冻组织切片，置于文库制备载玻片上，然后固定、染色和透化，释放与空间条形码捕获探针结合的 mRNA，以捕获基因表达信息。然后从捕获的 mRNA 和测序文库中合成 cDNA。然后对文库进行测序并可视化数据。从样本到文库制备的工作流程可在 < 1 天内完成。

图 2. 小鼠大脑中空间分辨的聚类和表达。A.冠状鼠脑切片H&E染色，成像，然后处理Visium空间基因表达工作流。图中显示的是包含UMI计数(B)、总基因计数(C)和基于总差异表达基因的空间朴素聚类（spatially naÏve clustering）(D)的图像覆盖。图中最右侧显示的是cluster 4(绿色)中比其他任何聚类都高表达的top基因。