跟着Nature Genetics学画图~ggplot2画折线图并在指定区域添加灰色背景

2021-01-20 15:46:28 浏览数 (1)

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最近在看论文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genetic history of apple domestication（高水平论文看起来还真是吃力！）看懂一点记一点吧。今天的笔记记录的是论文中Figure2图a的画法，图a展示的是啥内容我暂时还没有看懂，如果从画图的角度来说就是一个简单的折线图，正好之前有人问到如何添加灰色背景。今天先记录一下画图的内容

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第一步模拟数据

从上至下的第一个

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a<-seq(0,1.5,0.05)
df1<-data.frame(x=1:60,y=sample(a,60,replace=T))

画图

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library(ggplot2)
ggplot(df1,aes(x=x,y=y)) 
  geom_line(size=1,color="#6994f3") 
  ylim(0,3) 
  theme_bw() 
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        plot.title = element_text(hjust=0.5)) 
  labs(title="Chr15") 
  annotate(geom = "text",x=5,y=2.8,
           label=expression(italic("M. sieversii")))

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第二个和第一个一样，这里就不重复了，接下来是第三个，第三个多了一个灰色背景，这个可以借助geom_rect()函数实现

构造一份数据

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b<-seq(0,2.5,0.05)
df3<-data.frame(x=1:60,y=sample(b,60,replace = T))

画图

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ggplot(df3,aes(x=x,y=y)) 
  geom_rect(aes(xmin=5,xmax=12,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.1) 
  geom_rect(aes(xmin=23,xmax=28,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.1) 
  geom_rect(aes(xmin=35,xmax=52,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.1) 
  geom_rect(aes(xmin=55,xmax=59,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.1) 
  geom_line(size=1,color="#6994f3") 
  ylim(0,3) 
  theme_bw() 
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        plot.title = element_text(hjust=0.5),
        axis.text.x = element_blank()) 
  #labs(title="Chr15") 
  annotate(geom = "text",x=5,y=2.8,
           label="Gala")

image.png

接下来是最后一个，两条折线画到一起

这里采用的办法是两份数据集来叠加

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ggplot() 
  geom_rect(aes(xmin=5,xmax=12,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=23,xmax=28,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=35,xmax=52,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=55,xmax=59,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.) 
  geom_line(data=df5.1,aes(x=x,y=y),
            size=1,color="#80c97f") 
  geom_line(data=df5.2,aes(x=x,y=y),
            size=1,color="#a68dc8") 
  ylim(0,3) 
  theme_bw() 
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        plot.title = element_text(hjust=0.5)) 
  #labs(title="Chr15") 
  annotate(geom = "text",x=5,y=2.8,
           label="Gala Haplome B")

image.png

最后一步是将5个图拼接到一起
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p1<-ggplot(df1,aes(x=x,y=y)) 
  geom_line(size=1,color="#6994f3") 
  ylim(0,3) 
  theme_bw() 
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        plot.title = element_text(hjust=0.5)) 
  labs(title="Chr15") 
  annotate(geom = "text",x=5,y=2.8,
           label=expression(italic("M. sieversii")))

p2<-ggplot(df1,aes(x=x,y=y)) 
  geom_line(size=1,color="#6994f3") 
  ylim(0,3) 
  theme_bw() 
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        plot.title = element_text(hjust=0.5)) 
  #labs(title="Chr15") 
  annotate(geom = "text",x=5,y=2.8,
           label=expression(italic("M. sylvestris")))
p3<-ggplot(df3,aes(x=x,y=y)) 
  geom_rect(aes(xmin=5,xmax=12,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=23,xmax=28,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=35,xmax=52,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=55,xmax=59,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_line(size=1,color="#6994f3") 
  ylim(0,3) 
  theme_bw() 
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        plot.title = element_text(hjust=0.5),
        axis.text.x = element_blank()) 
  #labs(title="Chr15") 
  annotate(geom = "text",x=5,y=2.8,
           label="Gala")


p4<-ggplot() 
  geom_rect(aes(xmin=5,xmax=12,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=23,xmax=28,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=35,xmax=52,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=55,xmax=59,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.) 
  geom_line(data=df5.1,aes(x=x,y=y),
            size=1,color="#80c97f") 
  geom_line(data=df5.2,aes(x=x,y=y),
            size=1,color="#a68dc8") 
  ylim(0,3) 
  theme_bw() 
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        plot.title = element_text(hjust=0.5),
        axis.text.x = element_blank()) 
  #labs(title="Chr15") 
  annotate(geom = "text",x=5,y=2.8,
           label="Gala Haplome A")

p5<-ggplot() 
  geom_rect(aes(xmin=5,xmax=12,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=23,xmax=28,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=35,xmax=52,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.3) 
  geom_rect(aes(xmin=55,xmax=59,ymin=-Inf,ymax=Inf),
            fill="grey",alpha=0.) 
  geom_line(data=df5.1,aes(x=x,y=y),
            size=1,color="#80c97f") 
  geom_line(data=df5.2,aes(x=x,y=y),
            size=1,color="#a68dc8") 
  ylim(0,3) 
  theme_bw() 
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        plot.title = element_text(hjust=0.5)) 
  #labs(title="Chr15") 
  annotate(geom = "text",x=5,y=2.8,
           label="Gala Haplome B")

library(cowplot)
pdf(file = "line_plot.pdf",height = 8,width = 6)
plot_grid(p1,p2,p3,p4,p5,
          ncol = 1,nrow=5)
dev.off()

image.png

这个地方好奇怪，遇到了几个问题：

  • 第一个问题是

第三个小图和第四。五个颜色和透明度都是设置一样的，最后效果看起来 为 啥差别这么大呢？没有想明白原因

  • 第二个问题是：

使用expression(italic("M. sieversii"))将标签的字体设置为斜体的时候遇到警告信息

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Warning messages:
1: In is.na(x) :
  is.na() applied to non-(list or vector) of type 'expression'

不知道是什么原因！

  • 第三个问题是： 论文中的图折线看起来好像是平滑的，ggplot2画折线图的时候有没有办法能够让线变成平滑的呢？自己也查了资料，暂时也没有找到办法？

欢迎大家留言讨论以上的三个问题呀！

apple assemblies ggplot2 image png

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