创建独立的Python化学信息学环境

2021-01-28 17:46:16 浏览数 (1)

OpenBabel和RDKit作为常用的化学信息学工具很受青睐,为了防止和其他项目的冲突,将他们单独创建在同一个Python环境。

一、安装Anaconda或Miniconda

Win或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装,不赘述,网上很多教程。

二、创建Python3.x虚拟环境

#创建虚拟环境

conda create -n pydd36 python=3.6 conda

#激活虚拟环境

source activate pydd36

#包安装命令

conda install ipython

(其他包安装,激活环境后安装)

三、测试环境

#激活环境运行IPython

source activate pydd36

ipython

#导入openbabel和RDKit

import openbabel, pybel

from rdkit import Chem

from rdkit.Chem import AllChem

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