摘要：
使用Kabsch算法（1976）或Quaternion算法（1991）进行旋转，在两个笛卡尔坐标之间.xyz或者.pdb格式中计算均方根偏差（RMSD），从而得到最小的RMSD。
方法：
1
安装Anaconda
Win或Linux系统下安装Anaconda
2
安装rmsd
pip install rmsd
或
python -m pip install rmsd
3
RMSD脚本使用
calculate_rmsd --help
实例
calculate_rmsd ethane.xyz ethane_translate.xyz
calculate_rmsd ci2_1.pdb ci2_2.pdb
参考：
https://github.com/charnley/rmsd
