人鼠基因转换之首字母大写

2021-02-03 15:57:49 浏览数 (1)

很久以前我在《生信技能树》分享过教程,如果你处理的是小鼠的基因芯片表达矩阵,最后做gsea等分析要对生物学数据库注释,发现绝大部分数据库都是人类的基因名字,有一个取巧的方法是把基因名字修改一下,如下所示:

代码语言:javascript复制
[1] "PTPRC" "EPCAM" "MME"   "CD3G"  "CD3E"  "CD68"  "CD79A"
[1] "Ptprc" "Epcam" "Mme"   "Cd3g"  "Cd3e"  "Cd68"  "Cd79a"

居然有些人就开始指责我的教程,说这样误导大家了,不同物种的基因对应关系是有相应的同源基因数据库的,不能仅仅是把基因名字修改。让我很无语,难道我不知道可以严谨一点吗?

回归教程本身,人鼠基因转换之首字母大写在R语言的师兄,本着不想自己去造轮子的心态,搜索了一下:

代码语言:javascript复制
https://stackoverflow.com/questions/6364783/capitalize-the-first-letter-of-both-words-in-a-two-word-string

发现了好多解决方案

后来我采用了 stringr 包的 str_to_title函数:

代码语言:javascript复制
library(stringr)
genes_to_check = c("PTPRC","EPCAM", 'MME',"CD3G","CD3E", "CD68", "CD79A")
genes_to_check
genes_to_check=str_to_title(genes_to_check)
genes_to_check

大家也可以选择Hmisc包的capitalize函数,代码如下:

library(Hmisc)

代码语言:javascript复制
genes_to_check = c("PTPRC","EPCAM", 'MME',"CD3G","CD3E", "CD68", "CD79A")
genes_to_check
capitalize(tolower(genes_to_check))

解决方案实在是太多了:The package BBmisc now contains the function capitalizeStrings.

甚至可以自己造轮子,那就是作为一个学徒作业!

使用R语言基础函数,自己创造一个人鼠基因名字转换工具!

0 人点赞