目的：
>使用pymol制作可以用于展示的动画，这个取决于你要展示什么，这个教程会尽可能的遍历所有操作，先以命令行走一遍，然后以操作界面鼠标点击走一遍。
命令行操作介绍：
>pymol作为一个通用性很高的分子可视化软件，同时支持鼠标界面操作以及命令行界面操作。首先介绍命令行操作，这个会快一些。
命令行输入界面
>红色边框标记的地方输入下面的动画指令
>
第一个动画
代码语言：javascript复制>Multiple Zooming
#初始化
reinitialize
#设置一个储存对象的matrix_mode，一个电影时间线，
set matrix_mode, 1
set movie_panel, 1
#获取2jep蛋白文件，不更新pymol
fetch 2jep, async=0
#除去水分子
remove resn HOH
#重置视觉中心
orient
#选择三条链上的不同的配体
select l1, c. A and i. 1397
select l2, c. A and i. 1396
select l3, c. B and i. 1396
#整个蛋白以cartoon形式展现，并且颜色为暗灰色
as cartoon
color grey
#非标准原子基团展示为sticks，颜色为绿色
show sticks, het
color magnesium, het
#设置一个480帧的动画框架
mset 1 x480
# 第一个场景，从第1帧到第60帧，界面显示为当前界面，停滞2秒
frame 1
mview store
frame 60
mview store
#场景2，视觉中心转化为ligand1，
frame 120
zoom l1
mview store
# 在ligand1处，停滞2s
frame 180
mview store
# 场景3，视觉中心移动到ligand2
frame 240
zoom l2
mview store
# 停滞2s
frame 300
mview store
# 场景4，视觉中心移动至ligand3
frame 360
zoom l3
mview store
# 停滞2s
frame 420
mview store
#场景5，视觉中心移动到整体，2s
frame 480
zoom
mview store
# 将场景整合为一个
mview reinterpolate
# 播放电影
mplay
# 停止电影
mstop
#导出，先下载ffmpeg
https://ffmpeg.zeranoe.com/builds/
#保存为MPEG格式
File→Save Movie As→MPEG
#使用这个网站转化为GIF格式
https://www.aconvert.com/cn/video/mp4-to-gif/最终效果
