Chimera查看拉式图

2021-02-04 14:53:47 浏览数 (2)

定义:

拉氏图(又名 Ramachandran 图[φ,ψ]图α-碳与酰胺平面交角图,英语:Ramachandran plot, Rama plot),起初是于1963年由 G. N. Ramachandran,C. Ramakrishnan 和 V. Sasisekharan 提出的[1],是一种使蛋白质结构中,主链氨基酸残基的二面角 ψ 和 φ 可视化的方法。

氨基酸残基二面角

应用

拉氏图可以用于多少有些不同的两种方面。一个从理论上展示哪些 ψ 和 φ 二面角的组合(或者说构象)对于蛋白质中的氨基酸残基(如右上图)是有可能的。其二是展示观测数据点的经验分布(如右图),用于结构确认中,或者在许多结构所组成的数据库中。这两种情况均常用于展示理论偏好区域的外形。

红色,棕色和黄色区域分别代表偏好的,允许的和“通常允许”的区域,颜色最浅的区域代表不可能,如果你的氨基酸二面角中有数据出现在了最浅的部分,那说明这部分结构并不是很可靠。

Chimera显示出来就是这个样子

操作:

日常打开,open或者fetch by id

还是这货,1stp,熟悉的人大概都知道,脸熟吧

Tools>>General Controls>>Model Panel,左键点击

以后就直接简称为打开‘操作模板’了

打开之后,跳出的面板中,下拉右边的条

查看拉式图,左键点击

出现新的对话框就是拉式图的界面

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