UCSF Chimera是一个蛋白分子可视化软件,用于分子结构交互可视化以及数据分析,包括密度图,分子组装,序列比对,对接结果,轨迹和构象整合。 可以生成高质量的图像和动画。
Chimera包含完整的文档和一些教程,可以免费下载以供学术,政府,非营利组织和个人使用。
Chimera由Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI)
开发,由美国国立卫生研究院)支持。
UCSF ChimeraX(或简称ChimeraX)是RBSF的继UCSF Chimera之后的下一代分子可视化程序。
下载地址:http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
本教程概述了Chimera的基本功能。
您可以使用菜单和/或命令与Chimera进行交互。Chimera的基本功能都可以使用,但是菜单或图形界面中并非所有命令功能都可用,命令中并非所有菜单或图形界面功能都可用。因此,熟悉与Chimera的两种交互方式非常有用。
PartI-操纵,选择
首先,下载且安装好Chimera之后先来熟悉一下简单操作
Chimera开始界面,上方菜单栏,下方是可视化界面。
File:文件读取操作
Select:选择
Actions:动作
Presets:展示(各种效果,你将它类比为手机的各种滤镜效果就好)
Tools:工具
Favorites:喜爱
读取一个蛋白
File>>open/fetch by ID
我这边 fetch 了1htp
展示:
先看下Presets,这个简单看下就好理解
3✖️5=15种模式
我随意选择一种,Interactive3
显示效果
再选择,Publication3,效果
其余的可以自己尝试效果
然后重新导入
现在进行选择,展示,以及上色操作
Select >>Chain>>A
chainA被选中,现在上色
Action>>Color>>red
效果
在select中进行选择,而后在Action中执行染色动作