Chinera操作-No.2

2021-02-04 14:54:38 浏览数 (2)

UCSF Chimera是一个蛋白分子可视化软件,用于分子结构交互可视化以及数据分析,包括密度图,分子组装,序列比对,对接结果,轨迹和构象整合。 可以生成高质量的图像和动画。

Chimera包含完整的文档和一些教程,可以免费下载以供学术,政府,非营利组织和个人使用。

Chimera由Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI)

开发,由美国国立卫生研究院)支持。

UCSF ChimeraX(或简称ChimeraX)是RBSF的继UCSF Chimera之后的下一代分子可视化程序。

下载地址:http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html

本教程概述了Chimera的基本功能。

您可以使用菜单和/或命令与Chimera进行交互。Chimera的基本功能都可以使用,但是菜单或图形界面中并非所有命令功能都可用,命令中并非所有菜单或图形界面功能都可用。因此,熟悉与Chimera的两种交互方式非常有用。

PartI-操纵,选择

首先,下载且安装好Chimera之后先来熟悉一下简单操作

Chimera开始界面,上方菜单栏,下方是可视化界面。

File:文件读取操作

Select:选择

Actions:动作

Presets:展示(各种效果,你将它类比为手机的各种滤镜效果就好)

Tools:工具

Favorites:喜爱

读取一个蛋白

File>>open/fetch by ID

我这边 fetch 了1htp

展示:

先看下Presets,这个简单看下就好理解

3✖️5=15种模式

我随意选择一种,Interactive3

显示效果

再选择,Publication3,效果

其余的可以自己尝试效果

然后重新导入

现在进行选择,展示,以及上色操作

Select >>Chain>>A

chainA被选中,现在上色

Action>>Color>>red

效果

在select中进行选择,而后在Action中执行染色动作

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