Pymol-Mesh(电子密度图)

简介：

Pymol中的蛋白显示状态mesh很重要，也就是网格显示

1:先看一下常规的mesh显示，此蛋白为6m1h

2:显示蛋白电子密度图，首先需要在pdb上下载相关的电子密度文件

3:pymol直接打开文件，load

出现一个新的object，emd_30047

4:emd_30047附件选择A-->mesh

此时出现不同的level显示

随机选择一个，此时选择level1.0，出现一个新的object：emd_30047_mesh,且此时，主界面中显示电子密度图的mesh（别忘了提前把6m1h的mesh显示隐藏）

5:查看object：emd_30047_mesh的level，有不同的level级别，随机选择几个查看效果

5.1 level 3

5.2 level 5

细节可以自己去看下差别

6:显示某个肽段的电子密度

6.1先选取某个肽段，形成一个新的object，我选择28-36部分，形成一个新的object01

6.2接下来需要输入指令

详情见：https://pymolwiki.org/index.php/Isomesh

具体形式：

代码语言：javascript复制

isomesh name, map, level [,(selection) [,buffer [,state [,carve ]]]]

解释：

原文：

name = the name for the new mesh isosurface object.
map = the name of the map object to use for computing the mesh.
level = the contour level (in sigma units)
selection = an atom selection about which to display the mesh with an additional "buffer" (if provided).
state = the state into which the object should be loaded (default=1) (set state=0 to append new mesh as a new state)
carve = a radius about each atom in the selection for which to include density. If "carve" is not provided, then the whole brick is displayed.

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