DOCK-2-蛋白受体与配体的准备

准备蛋白受体以及配体文件

使用的蛋白文件为1HTP

• 整体蛋白显示
• 1:去除水分子，分别将蛋白受体与其中的配体进行保存，保存格式为任意，此处保存为pdb格式
• 2:使用chimera的dock prep插件，为受体加氢加电荷，并且保存为mol2文件
  • 保存好的受体文件，mol2格式，文件头一部分

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@<TRIPOS>MOLECULE
rec-1htp.pdb
1940 1962 131 0 0
PROTEIN
AMBER ff14SB


@<TRIPOS>ATOM
      1 N         -15.3620   29.4030    8.6420 N.4       1 SER    0.1849
      2 CA        -15.0370   28.0660    9.0350 C.3       1 SER    0.0567
      3 C         -15.4370   27.6180   10.4140 C.2       1 SER    0.6163
      4 O         -14.9260   28.0030   11.4730 O.2       1 SER   -0.5722
      5 CB        -13.5600   27.8020    8.9310 C.3       1 SER    0.2596
      6 OG        -13.1880   27.9820    7.5760 O.3       1 SER   -0.6714
      7 HG        -13.8520   28.5130    7.1290 H         1 SER    0.4239

• 3:使用chimera，为配体加氢加电荷，并且保存为mol2文件
  • 保存好的受体文件，mol2格式，文件头一部分

代码语言：javascript复制

@<TRIPOS>MOLECULE
ligand-1htp.pdb
41 40 1 0 0
SMALL
AMBER ff14SB


@<TRIPOS>ATOM
      1 C1         -6.7080   26.0460   -4.3120 C.2       1 OSS    0.5639
      2 O1         -5.7380   26.2170   -5.0540 O.2       1 OSS   -0.5151
      3 C2         -6.6180   25.3890   -2.9330 C.3       1 OSS   -0.2074
      4 C3         -5.8860   24.0490   -2.8270 C.3       1 OSS   -0.0744
      5 C4         -6.5970   23.1970   -1.7900 C.3       1 OSS   -0.0774
      6 C5         -6.0770   23.4940   -0.4030 C.3       1 OSS   -0.0844
      7 C6         -6.8460   22.8320    0.7380 C.3       1 OSS    0.0664
      8 C7         -6.7340   21.3160    0.6660 C.3       1 OSS   -0.0884
      9 C8         -7.4320   20.4910    1.7600 C.3       1 OSS   -0.0463

pdb 插件

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