Journal: Global Ecology and Biogeography
Citations: 6
Link:
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/geb.12859
接上文：
DNCI：计算群落构建的新方法
物种内稳定机制和物种间适应性的相似性(分别是生态位和中性构建过程)是群落构建的两个互补的一阶驱动因素。
本文基于Clarke’s SIMPER (similarity percentage)分析，开发了一种名为PER-SIMPER的基于置换的算法，用于识别驱动物种在两个或多个组合群内分布的一阶过程：生态位过程或扩散过程。
1. SIMPER分析：
一种基于距离的方法，可以计算每个分类单元对两个或多个组之间观察到的总体平均不相似性（OAD）的相对贡献。可用ANOSIM或者PERMANOVA检验显著性。
Clarke最开始使用Bray–Curtis距离，考虑发生率数据，该距离退化为Sørensen距离。公式为：
a为在j和k中都出现的物种数，b和c为仅在j或k中出现的物种数。
2. PER‐SIMPER分析
构建三类零模型：
a. 类群间的分布完全来自于生态位的过程，即类群分布仅受每个类群中可用生态位的数量和宽度控制，而不考虑类群的扩散潜力。根据这个假设，分类单元在恒定的样本丰富度(即行和固定)约束下随机置换。置换的过程可通过vegan包的permatfull函数实现。
b. 类群间的分布完全来自于扩散的过程，而不考虑生态位。分类单元在恒定的物种数量（即列和固定）约束下随机置换。
c. 行和列的和同时固定进行置换。这个零模型假设生态位和扩散过程同时影响群落构建。
零模型和观测值做差，求平方再取对数，就得到的E-matric。E越低，越符合零模型。
结果解读
a.H0: Disperal的E值很高，且和经验SIMPER差异很大，说明生态位过程是群落构建主要过程；
b.H0: Niche的E值很高，且和经验SIMPER差异很大，说明扩散过程是群落构建主要过程；
c. 三个零模型和经验SIMPER差异很小，说明生态位过程和扩散过程都起作用。
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