接下来导入小分子
接下来你可以按照下图设置显示形式，颜色按照前面的倒三角形里面选择显示二级结构，通过链显示颜色。
选择Grid>Grid Box...设置对接的盒子大小、坐标、格点数、格点距离，这一步需要自己根据不同的结构来进行具体确认。一般来说最简单的方法是：查阅文献、晶体结构数据库，寻找配体可能的结合位点附近的重要氨基酸残基。对接的中心坐标并不一定非常准确，只要对接的盒子包含了配体可能结合的最大区域即可。
我这里没有详细去查，所以选择全部包裹。通过调整后，蛋白已被全部包裹。
这里看不见蛋白了。可以在View中勾选Show box as lines，让盒子只显示外框。
然后把我们的小分子取出来，弹出窗口，选择小分子，把图中的√去掉。
右键选择小分子，拖动出来。
然后再把上面的√勾选回去，关掉弹出窗口，接下来保存盒子。
然后导出GPF文件。
我这里保存的名称为：1e8y.gpf
接下来运行Grid，按下图操作，弹出窗中Parameter Filename栏点击Browse。
选择我们前面保存的1e8y.gpf文件，选择后log Filename这一栏就会自动填写，这里需要注意的是，工作目录需要和我们前面设置的一样。
点击launch后会弹出下面这个窗口。
重要提醒！！！这里不要关闭这个窗口，因为程序一直在运行，这个过程你在工作目录下生成一些map格式的文件。
运行结束后，这些文件的大小将发生改变。
接下来，我么准备AutoDock的运行参数以及计算方法。我这里选择的是半柔性对接，选择Set Rigid Filename。
然后选择我们前面选择的保存的pdbqt文件。
设置搜索参数和算法，在最后一个弹出框中，第一个选项，Number of GA Runs表示我们对接多少次，这里默认0次，官方建议对接50次以上，这里演示就设置10次。还有，Maximum Number of evals 和Maximum Number of generations 的值可以设置大一些，从而获得较优构象，但值越大，后面运行AutoDock的时间会越长。
设置对接参数
接下来输出dpf文件。
接下来运行AutoDock，这里和前面运行Grid差不多，选中我们的dpf文件，选择后log Filename这一栏就会自动填写，同样需要注意的是，工作目录需要和我们前面设置的一样。
然后点击launch运行程序。同样不能关闭这个窗口或点击Dismiss，这个过程会在工作目录产生一个相应的dlg格式文件，这个文件就是对接结果。
在对接完成之后需要分析分子对接结果，也是做分子对接最重要的部分。我们先用文本文档软件打开我们的dlg文件。
文件头部是使用的软件版本等信息，然后是程序运行的一些参数记录。
我们接着往下拉。FINAL GENETIC ALGORITHM DOCKED STATE往下是我们的对接结果，如果不是用GENETIC ALGORITHM DOCKED，该出名称不一样，结果中，Run = 1是第一次对接的结果。我们重点看Estimated Free Energy of Binding这个参数，但这里的Run = 1不代表结合能最低，只是运行的一个顺序，一次对接有10个结果。
我们一直往下拉，在CLUSTERING HISTOGRAM处会看见一个表。这里把10个运行结果统计在这里表示，我们可以清楚的看到，第6次的运行结果的结合能才是最低的。
接下来我们用ADT分析对接结果，先把当前窗口的所有分子删除。
通过Analyze-Dockings-Open来打开分子对接的输出文件1e8y.dlg。
然后就显示了结果，但我们不是有10个对接结果吗，这里只显示一个。
会弹出这么一个窗口
然后按下图操作，显示对接信息。
我们可以看到，当前结果的结合能是-5.36，在对接位置处产生了4个氢键，位置是第1、567、594和1032个氨基酸处。
我们可以加载所有的信息出来，和前面文本文件打开的信息一样，不过我这里显示的结果和前面文档不一样，是因为我后面这次是重新运行的，每一次对接的结果是不一样的，所以这里会有所区别。
我们可以通过左右按钮切换显示，切换后相应的信息就会改变。
我们切换回第一个，写出复合物，弹出保存文件窗口，输出文件是pdbqt格式。
我们这里命名为result.pdbqt。后续可以转换为pdb格式，用如pymol等其他软件进行可视化美化。
最后，我们的对接结果怎么才算可靠？？上面一直说的结合能的单位是kcal/mol，kj/mol是标准单位，1KCal等于4.184KJ。kj/mol是焓的单位。因为焓是一个状态函数，所以某物质所含的能量是随摩尔质量的改变而改变的，物质的量的单位是mol，能量的单位是J，所以焓的单位就是J/mol或者kJ/mol。如果结合能小于-1.2kcal/mol或者小于-5kj/mol，那么我们认为对接结果是可行的，可以选择最低的。
到这里，对接就算结束了，后面是结果的可视化美化，如果有报错的情况，你可以阅读官方手册。
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/tutorial/using-autodock-4-with-autodocktools
