森林图绘制
概述
使用forestplot包进行绘制
包的安装
代码语言：javascript复制install.packages("forestplot")
# 调用
library(forestplot)简单示例
生成数据
代码语言：javascript复制library(forestplot)
# 生成数据
cochrane_from_rmeta <-
structure(list(
mean = c(NA, NA, 0.578, 0.165, 0.246, 0.700, 0.348, 0.139, 1.017, NA, 0.531),
lower = c(NA, NA, 0.372, 0.018, 0.072, 0.333, 0.083, 0.016, 0.365, NA, 0.386),
upper = c(NA, NA, 0.898, 1.517, 0.833, 1.474, 1.455, 1.209, 2.831, NA, 0.731)),
.Names = c("mean", "lower", "upper"),
row.names = c(NA, -11L),
class = "data.frame")
tabletext<-cbind(
c("", "Study", "Auckland", "Block",
"Doran", "Gamsu", "Morrison", "Papageorgiou",
"Tauesch", NA, "Summary"),
c("Deaths", "(steroid)", "36", "1",
"4", "14", "3", "1",
"8", NA, NA),
c("Deaths", "(placebo)", "60", "5",
"11", "20", "7", "7",
"10", NA, NA),
c("", "OR", "0.58", "0.16",
"0.25", "0.70", "0.35", "0.14",
"1.02", NA, "0.53"))结果
这里生成的是一个11行3列的数据框，分别对应均值，上限和下限 第一行和第二行为空值，为了提供绘图中的空行
tabletext是生成一个11行4列的数据框，目的是提供绘图的文字信息
进行绘图
首先进行简单的绘图
代码语言：javascript复制forestplot(tabletext,
cochrane_from_rmeta,new_page = TRUE,
is.summary=c(TRUE,TRUE,rep(FALSE,8),TRUE),
clip=c(0.1,2.5),
xlog=TRUE,
col=fpColors(box="royalblue",line="darkblue", summary="royalblue"))可以看出文本信息和绘图信息分别的对应列数
添加一条水平线
代码语言：javascript复制forestplot(tabletext,
hrzl_lines = gpar(col="#444444"),
cochrane_from_rmeta,new_page = TRUE,
is.summary=c(TRUE,TRUE,rep(FALSE,8),TRUE),
clip=c(0.1,2.5),
xlog=TRUE,
col=fpColors(box="royalblue",line="darkblue", summary="royalblue"))
水平线的目的使得标题和内容能够更加明显的方式区分，同时也也可对水平线进行一定的编辑，如下代码
代码语言：javascript复制forestplot(tabletext,
hrzl_lines = list("3" = gpar(lty=2),
"11" = gpar(lwd=1, columns=1:4, col = "#000044")),
cochrane_from_rmeta,new_page = TRUE,
is.summary=c(TRUE,TRUE,rep(FALSE,8),TRUE),
clip=c(0.1,2.5),
xlog=TRUE,
col=fpColors(box="royalblue",line="darkblue", summary="royalblue", hrz_lines = "#444444"))这里的hrzl_lines是一个列表，分别对第三行，第11行1:4列进行添加水平线
添加置信区间的尾巴，也就是短竖线，使用 vertices = TRUE
代码语言：javascript复制forestplot(tabletext,
hrzl_lines = list("3" = gpar(lty=2),
"11" = gpar(lwd=1, columns=1:4, col = "#000044")),
cochrane_from_rmeta,new_page = TRUE,
is.summary=c(TRUE,TRUE,rep(FALSE,8),TRUE),
clip=c(0.1,2.5),
xlog=TRUE,
col=fpColors(box="royalblue",line="darkblue", summary="royalblue", hrz_lines = "#444444"),
vertices = TRUE)可以从图中明显的看到一个短的竖线在置信区间的两侧
使用graph.pos指定画图的位置，这里的例子显示的是4，也就是在第四列对图形进行绘制
代码语言：javascript复制forestplot(tabletext,
graph.pos = 4,
hrzl_lines = list("3" = gpar(lty=2),
"11" = gpar(lwd=1, columns=c(1:3,5), col = "#000044"),
"12" = gpar(lwd=1, lty=2, columns=c(1:3,5), col = "#000044")),
cochrane_from_rmeta,new_page = TRUE,
is.summary=c(TRUE,TRUE,rep(FALSE,8),TRUE),
clip=c(0.1,2.5),
xlog=TRUE,
col=fpColors(box="royalblue",line="darkblue", summary="royalblue", hrz_lines = "#444444"))在这个图中，绘图的区域位于第四行，同时OR值被安排在了第5行的位置
结束语
对于森林图的绘制，总体来说是比较简单的，里面的各个参数的意思也不用太过了解，比如对于绘图颜色的控制，对字体的控制等，这些内容可以在r语言的官方文档中都可以查询，用到的时候去查询较为合适。
peace & love
