代码语言:javascript复制现在初学者都喜欢使用conda来管理软件环境,安装方法代码如下:
#一路yes下去
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-4.6.14-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc
## 安装好conda后需要设置镜像。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda create -n atac -y python=2 bwa
其中最常用的samtools却总是报错,安装方法如下:
代码语言:javascript复制conda activate atac
conda install -y samtools
报错如下:
代码语言:javascript复制samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory
好不容易才把samtools安装了指定版本后解决了bugs,解决方法代码如下:
代码语言:javascript复制conda search samtools
conda install -y samtools=1.11
# 另外我搜索到另外一个解决方案:conda install samtools openssl=1.0
但是另外一个软件(sambamba)又开始作妖:
代码语言:javascript复制sambamba: error while loading shared libraries: libphobos2-ldc-shared.so.81: cannot open shared object file: No such file or directory
同样的,也是需要安装指定版本软件,才能避免报错啊!
代码语言:javascript复制conda search sambamba
conda install sambamba=0.6.6
考大家一个问题
下面的报错截图,你点评一下:
然后给出你的解决方案!