在对同一路径下多个文件做相同处理时，可以循环读取文件夹中的文件，批量读取，处理和写入文件，会大大提高工作效率，在R语言中，处理方法如下所示。
1.批量读取文件
代码语言：javascript复制path <- "~/path/to/your/file/"
fileNames <- dir(path)
filePath <- sapply(fileNames, function(x){
paste(path,x,sep='/')})
data <- lapply(filePath, function(x){
read.csv(x)}) 2.批量处理文件及写出
上面多个文件被读入到一个叫data的list的文件中，下面可以通过data[[]]来取出每一个文件来进行相同的处理。
代码语言：javascript复制for (i in 1:length(fileNames)){
temp<-data[[i]]
write.csv(temp,paste0("../../AllMatrixCountGeneSymbol/",tag,".csv"))
}下面是对ensembl id注释成gene symbol的例子 每个需要处理的文件为：
注释文件：
for (i in 1:length(fileNames)){
temp<-data[[i]]
temp[,1]<-unlist(lapply(as.character(temp[,1]), function(x){strsplit(x, "\.")[[1]][1]}))
tag<-unlist(lapply(as.character(colnames(temp)[1]), function(x){strsplit(x, "\id_")[[1]][2]}))
colnames(temp)[1]<-"ENSEMBL"
temp<-aggregate(.~ENSEMBL,temp,mean)
temp<-merge(ann,temp)
temp<-temp[,-1]
temp<-aggregate(.~GeneSymbol,temp,mean)
rownames(temp)<-temp$GeneSymbol
temp<-temp[,-1]
write.csv(temp,paste0("../../AllMatrixCountGeneSymbol/",tag,".csv"))
}参考： https://blog.csdn.net/u011596455/article/details/79601113
