比对完之后，看了一下有的reads的Bitwise Flag是81和161，用samtools查了一下这两个flags：
代码语言：javascript复制samtools flags 81
samtools flags 161得到81是PAIRED，REVERSE，READ1；161是PAIRED，MREVERSE，READ2。
与99/147和83/163比较发现，这一对reads没有PROPER_PAIR。所以进一步查了一下为什么不是proper pair。
如图所示，这这两种方式的时候，reads是proper paired的，即 forward read1和reverse read2； 或者 forward read2和reverse read1。我在构建数据的时候，误把reverse的read放到了forward的read的左边了，直接bwa aln的时候就会出错。
构建数据还是有很多细节需要注意。有问题的话可以用BBtools的repair.sh修复，会提示哪条read有问题。
