成品预览
环境需求
R 及 Rstudio 的安装配置
https://zhenglei.blog.csdn.net/article/details/102007737
RCircos安装
代码语言：javascript复制 options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options()$BioC_mirror
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install("RCircos",ask = F,update = F)绘制圈图
载入包
代码语言：javascript复制 rm(list=ls())
# 载入包
library(RCircos)1
绘制人染色体圈图
代码语言：javascript复制 # 绘制人染色体圈图 ------------------------------------------------------
# 导入人类染色体数据
data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)
# 设置染色体数据
cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram
# 设置不显示的染色体
chr.exclude <- NULL
# 设置内部环形数
tracks.inside <- 10
# 设置外部环形数
tracks.outside <- 0
# 导入上面四个基本参数
RCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude,tracks.inside, tracks.outside)
# 列出所有绘图参数
RCircos.List.Plot.Parameters()
# 绘制染色体图形，默认方法显示染色体名称。
RCircos.Set.Plot.Area()
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot()数据格式：
绘制：
2
绘制基因
代码语言：javascript复制 # 添加基因名称与连线 -----------------------------------------------------
# 加载数据集
data(RCircos.Gene.Label.Data);
# 设置在内环绘制
side <- "in";
# 设置在第一内环绘制
track.num <- 1;
# 绘图
RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, track.num, side);
# 在染色体上添加基因名称
name.col <- 4;
track.num <- 2;
# 绘图
RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, name.col,track.num, side);数据格式：
绘制：
3
绘制热图
代码语言：javascript复制 # 添加热图类型的环形 ---------------------------------------------------------------
# 加载数据集
data(RCircos.Heatmap.Data);
# 设置热图数据
data.col <- 6;
# 设置第5个环形生成
track.num <- 5;
#设置在内侧的环形生成
side <- "in";
# 绘图
RCircos.Heatmap.Plot(RCircos.Heatmap.Data, data.col, track.num, side);数据格式：
绘制：
4
绘制散点图
代码语言：javascript复制 # 添加散点图类型的环形 -------------------------------------------------------------
# 加载数据集
data(RCircos.Scatter.Data);
# 设置散点纵坐标
data.col <- 5;
# 设置图形在第6个环形生成
track.num <- 6;
# 设置图形在内侧环形生成
side <- "in"
# 设置数据大于1的点以红色显示，小于数据1的点以蓝色显示
by.fold <- 1;
# 绘图
RCircos.Scatter.Plot(RCircos.Scatter.Data, data.col,track.num, side, by.fold);数据格式：
绘制：
5
绘制折线图
代码语言：javascript复制数据格式：
绘制：
6
绘制直方图
代码语言：javascript复制 # 添加直方图类型的环形 --------------------------------------------------------------------
# 加载内数据集
data(RCircos.Histogram.Data);
# 设置第4列为绘制数据
data.col <- 4;
# 设置在第7环绘制图形
track.num <- 8;
# 设置在内环绘制图形
side <- "in";
# 绘图
RCircos.Histogram.Plot(RCircos.Histogram.Data, data.col, track.num, side);数据格式：
绘图：
7
绘制网络图
代码语言：javascript复制 # 添加网络图类型的环形 --------------------------------------------------------------------
# 加载数据集
data(RCircos.Tile.Data);
# 设置图形在9环绘制
track.num <- 9;
# 设置图形在内环绘制
side <- "in";
# 绘图
RCircos.Tile.Plot(RCircos.Tile.Data, track.num, side);数据格式：
绘图：
8
添加和弦图
代码语言：javascript复制 # 添加一个或多个基因间的联系曲线 ----------------------------------------------------------
# 加载数据集
data(RCircos.Link.Data);
# 设置图形在11环绘制
track.num <- 11;
# 绘图
RCircos.Link.Plot(RCircos.Link.Data, track.num, TRUE);数据格式：
绘图：
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