JBrowse安装配置的一些教程

2020-07-24 15:51:36 浏览数 (1)
  • 1 如果有一个云服务器你会做什么？
  • 2 用JBrowse搭建基因组浏览器
  • 3 Jbrowse 安装及使用说明
  • 4 jbrowse centos安装过程
  • 5 JBrowse使用说明：如何安装JBrowse
  • 6 可能是最全的JBrowse基因浏览器介绍

我用的是Ubuntu系统

按照 JBrowse使用说明：如何安装JBrowse这篇教程中的步骤进行安装 用到的命令是

代码语言：javascript复制
sudo mkdir /var/www/jbrowse
sudo chown `whoami` /var/www/jbrowse
cd /var/www/jbrowse

# unzip it and cd into it
unzip JBrowse-1.16.9.zip
cd JBrowse-1.16.9
# run setup.sh, quick start with example data
./setup.sh

这里需要注意的是sudo chown `whoami` /var/www/jbrowse 这行命令里 不是单引号，而是ESC键下面那个

./setup.sh这一步会运行好长时间，因为需要安装好多依赖的perl模块，这里吐槽一下perl模块的安装好麻烦，或者是我自己没有掌握正确的安装方法吧！

我的nginx已经安装好了 在自己的电脑浏览器输入http://123.56.89.209/jbrowse/JBrowse-1.16.9/index.html?data=sample_data/json/volvox

报错

暂时还不知道是什么原因

然后我将 /var/www/html/目录下的index.nginx-debian.html文件删除掉了（记得备份），然后将 /var/www//jbrowse/JBrowse-1.16.9/目录下的所有内容都复制到了/var/www/html/目录下

代码语言：javascript复制
cp -R ../jbrowse/JBrowse-1.16.9/* ./

然后在自己本地电脑浏览器输入http://123.56.89.209/index.html?data=sample_data/json/volvox

终于看到了结果

接下来需要学习的是

  • 如何准备自己的数据？
  • 有没有办法将结果整合到Django里？
http json html perl

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