多色流式和单细胞测序往往带来的是涵盖更多信息的高维数据。通过一些算法可以将数据降维并把结果投射在一张2D图上。而相较于2D结果，3D图形更加直观，使我们可以更容易地理解各个细胞群的空间相对位置关系。
Alireza Khodadadi-Jamayran等人开发了多功能工具包—iCellR，可对单细胞测序和流式数据进行降维、聚类、差异表达分析（测序数据），并产生2D和3D交互的可视。
3D tSNE结果更加直观
今天我们就跟随王老师一起来看一下BD FlowJo®及SeqGeq™可使用的iCellR插件，全方位展示你的结果，让细胞动起来！
一、FlowJo® 和SeqGeq™支持iCellR
FlowJo®SeqGeq™将iCellR工具整合为插件，用户可以通过插件安装的方式使用iCellR包，运行简单，无需编写R代码，操作界面十分友好。
选中目标细胞群，打开Workspace-Plugin-iCellR插件。
有三种运行选择：iCellR Pipeline， 3D Plot Only， Differential Expression(仅SeqGeq™支持) 。
-iCellR Pipeline
iCellR Pipeline运行降维 (PCA tSNE UMAP) 、聚类、差异基因分析。选中基因参数，确定聚类方法及差异分析的倍数阈值，点击运行。
3D结果 2D结果
运行结束后，细胞被分群，浏览器会自动生成网页版PCA、tSNE、UMAP 3D交互图形，对应2D图形可在Graph Window通过X/Y轴调取出来。
同时iCellR Pipeline会帮助进行差异表达分析。在SeqGeq™基因集位置，会生成不同细胞群上调和下调基因，可导出供使用。
- 3D Plot Only
3D Plot Only 用来生成3D 交互图形。X/Y/Z轴可选为感兴趣的基因或蛋白参数，得到细胞群在三个参数上的表达关系。
-Differential Expression
Differential Expression为分析单细胞数据专用，在SeqGeq™中，选中基因及聚类参数（如kmeans），计算得到每个cluster差异表达的基因。
二、如何在FlowJo® SeqGeq™安装iCellR
- 下载iCellR插件
进入FlowJo®和SeqGeq™插件网站FlowJoexchange, 下载最新版iCellR插件。
进入The Comprehensive R Archive Network（CRAN）网站https://cran.r-project.org/ 下载电脑兼容的R版本。如电脑已安装R，则不必重新安装。
- 关联软件
将FlowJo®SeqGeq™与R安装的位置和软件安装目录下 Plugin文件夹的位置进行关联，并将下载好的插件包中的iCellR.jar文件复制至关联的Plugin文件夹中。
- 安装iCellR
打开插件中包中How_to_iCellR PDF文件，复制安装命令至 R中进行安装。install.packages(c("iCellR", "plotly","ggplot2", "Matrix"))
R包安装完成后，重启软件。
