miRNACancerMAP是一个用于研究癌症miRNA调控网络的网页工具,网址:http://cis.hku.hk/miRNACancerMAP/index.php。
如上图所示,该数据库具有5种功能:
1、小RNA分子与癌症关系查询(microRNA to Cancer)
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2、查询癌症中miRNA参与的通路(Pathway to microRNA)
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跳转到Regulatory Network界面后,可以看到不仅有高颜值的network,其右侧还有几个选项卡,包括lncRNA介导的海绵作用,即lncRNA作为sponge分子与mRNA竞争结合miRNA,进而影响miRNA对下游靶mRNA的调控(ceRNA分子机制),详见上面截图或该工具网址。
3、查询多种癌症中共同存在的miRNA-mRNA互作网络(microRNA to Pan-cancer)
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4、绘制特定癌症项目中感兴趣的基因/micoRNA调控网络(Dataset to Network)
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本项分析需要通过点击右上角的Quest History,输入上述得到Quest ID来提交任务。
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5、数据分析功能,这里不再详细介绍,需要输入miRNA和mRNA表达量矩阵文件(列名应为样本,行名应为基因symbol,并且提供样本的分组信息),进行差异表达分析、构建miRNA-mRNA调控网络,鉴定hub miRNA等。
小编寄语
这款软件真的是方便实用,同时提供的network图真的是高颜值啊!
参考文献
Tong Y, Ru B, Zhang J. miRNACancerMAP: an integrative web server inferring miRNA regulation network for cancer[J]. Bioinformatics, 2018, 1: 3.