DNA甲基化大家肯定都不陌生，而这几年却发现了RNA甲基化的呼声甚至比DNA甲基化更高。那RNA甲基化到底是什么呢？
概念篇
细胞RNA中已经识别到超过100种化学修饰。RNA甲基化修饰类型很多如：m6A RNA甲基化﹑m5C RNA甲基化﹑m1A RNA甲基化、m7G RNA甲基化等。目前最热门的、最富集的要属m6A RNA甲基化，即RNA分子腺嘌呤第 6 位氮原子上的甲基化修饰（N6-methyladenosine，m6A），是真核生物mRNA最常见的一种转录后修饰，占到RNA甲基化修饰的80%。
真核生物m6A甲基化修饰[1]
功能篇
m6A RNA甲基化是由多种蛋白参与的动态可逆的修饰。参与m6A甲基化修饰的酶包括甲基化转移酶（Writers）、去甲基化酶（Erasers）和甲基化阅读蛋白（Readers）等。一旦这些酶出现异常，将会引起一系列疾病，包括肿瘤、神经性疾病、胚胎发育迟缓等。
RNA甲基化相关蛋白[2]
甲基化转移酶：催化RNA上发生甲基化修饰，即将甲基基团（CH3）“写入”RNA，包括METTL3/14、WTAP和KIAA1429等。
去甲基化酶：催化RNA去甲基化修饰，即对已发生m6A修饰的碱基“擦除”甲基基团，包括FTO和ALKHB5等。
阅读蛋白：识别发生m6A修饰的碱基，从而激活下游的调控通路如RNA降解、miRNA加工等，包括YTHDF家族中的YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3。
检测技术篇
MeRip-seq(Methylated RNA Immunoprecipitation,甲基化免疫共沉淀)：基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理，采用m6A特异性的抗体进行免疫沉淀富集发生甲基化的RNA片段，进行高通量测序检测发生m6A修饰的RNA转录本。然而该方法只能鉴定高甲基化的区域，无法单碱基的分辨率的识别RNA甲基化。
miCLIP：发生甲基化的RNA与抗体特异性结合以后，进行紫外交联，反转录得到的cDNA会出现突变或者截断，以此来判断m6A是否存在。该方法虽然可以鉴定到RNA单碱基甲基化水平，但实验中P32等同位素标记等成本过高，使得常规实验室不愿开展。
Nanopore测序技术：基于电信号识别碱基序列的三代测序技术，RNA上不同修饰的碱基在通过纳米孔通道时造成的阻碍大小不同，产生具有特征的电流信号。通过对这些信号进行实时监测，则可获取相应的碱基类型，及其是否携带碱基修饰！也就是说Nanopore测序可以无需与特异性抗体结合，得到单碱基分辨率下RNA上的甲基化修饰。
参考文献：
1. Roundtree I A , Evans M E , Pan T , et al. Dynamic RNA Modifications in Gene Expression Regulation[J]. Cell, 2017, 169(7):1187-1200.
2. Lee, M., B. Kim, and V.N. Kim, Emerging roles of RNA modification: m(6)A and U-tail. Cell, 2014. 158(5): p. 980-987.
