冬天来了
>source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("simpleaffy")
> library(CLL)
> data("CLLbatch")
> Data.qc <- qc(CLLbatch)
> plot(Data.qc)
上图第1列是所有样品名称，第2列是两个数字（对应每个样品），上面数字以百分比形式出现检出率，下面数字表明平均背景噪音；第3列（QC Stats）最下面的横轴是尺度因子对应的坐标，取值范围-3～3，浅蓝色作为边界；第3列三项指标：尺度因子、GAPDH 3‘/5’比值和actin 3‘/5’，分别用实心圆、空心圆、三角标志表示。若第3列有红色“bioB”表示该样品未检测到BioB；所有指标出现蓝色表示正常，红色表示可能存在质量问题。若BioB无法检测，判定该芯片实验失败。CLL15.CEL检出率38.89%明显低于其他样品，actin3/actin5远大于3，而且没有检测BioB，判定数据无效。
