1.R与Rstudio
主要是学习到了会创建project啊，之前不会如此高效整理自己的项目....都是直接复制粘贴代码进去，所以各种报错，唉。
然后自从开了别人的一个文件project之后，然后回不到最开始的界面了，也不知道之前在哪个文件夹...setwd（）都不知道set去哪里
嗯嗯嗯？竟然光标放在那一行的任意位置都行...我蠢啊，虽然没什么区别，但是就像是知道了了不起的小技巧一样。快捷键是ctrl enter
2.数据类型
确实，学习的过程中不管学习到什么，肯定的说出自己的结论，错了也还有改正的机会呀！
Alt 加 - 可以直接得到 <-，但是一般情况下其实还是可以用=代替。
额我突然想起来在某一次代码出问题时，改过这个数据框的名字问题，明天在茫茫数据中找找，可能还比较显眼，应该是红色的错误。
match的知识点在7-7-3数据结构介绍的17min
7-9-2可以再看几遍。
3.数据结构
两个不同的向量可以用cbind组合为矩阵，但是矩阵的长度相同，数据类型相同，所以下面x，y是不同的数据类型，是数据框咯？
代码语言：javascript复制x=c(1,2,3,4,5,6)
y=c("Y","S","D","C","B","N")
cbind(x,y)
（PS: 学员的推理是错的，虽然最开始，x和y确实数据类型不一样，理论上不可能存在一个矩阵里面，但是呢，用cbind起来后，x和y就都成为了字符，所以可以存在一个矩阵了。）
代码语言：javascript复制x=c(1,2,3,4,5,6)
y=c("Y","S","D","C","B","N")
data.frame(x,y)
如果打函数时，遇到比较长需要自动补齐的函数，在出现选项时，可以直接上下键来挑选，然后点Tab或者enter键自动补齐
老师推荐了一个everything的软件，找东西比电脑内带的快很多。
4.函数和R包
安装R包可能会出现”is not available (for R version 3.5.2)“
主要有下面三个原因：
- 1.包名写错
- 2.安装命令使用错误
- 本机的R语言版本与包所要求的版本不符（极少）
browseVignettes("ggplot2") 如果不知道某个包的使用方法，可以直接给出这样的代码来查看使用方法和示例，当然也是可以用?ggplot2和example(ggplot2)
5.进阶知识
如果有什么包装不上，什么空间原因，可能是包的版本更新了，直接去原始的包存放的地方删掉这个包，重新装就好了。
GEO挖掘流程里，在之前我自己通过东抄一点西抄一点的组成的完整的一篇代码，总觉得自己的分组信息可能出了点问题，但是经过自己多次验证和GEO2R验证以及这次跟小洁老师的代码做对比，发现结果还是没有问题的，让我对自己的数据分析更有信心了。
8.下游分析常见图表介绍
以前我以为我了解的很清楚了的地方现在一听原理，也许不是那么回事，但是更清晰明了了。
P.value经常性等于这种格式3.495e-12，后面的12竟然表示的是10的多少次方，厉害鸭。我居然连科学计数法都不知道，果然每个人都有自己的知识盲区。
然后讲了一个新的思路，就是可以取两个不同的疾病联合在一起取差异基因，
热图聚类样本和正常没有聚类到一起，可以画图的矩阵标准化一下？什么意思7-18-1 6.45
代码语言：javascript复制rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(tinyarray)
library(stringr)
gse = "GSE42872"
geo = geo_download(gse)
group_list = ifelse(str_detect(geo$pd$title,"Control"),"control","treat")
group_list = factor(group_list,levels = c("control","treat"))
find_anno(geo$gpl,install = T)
ids <- toTable(hugene10sttranscriptclusterSYMBOL)
try = get_deg_all(geo$exp,
group_list,
ids,
logFC_cutoff = 1,
entriz = F,
adjust = F,heat_id = 1
)
try$plots
en = quick_enrich(try$cgs$deg$diff$diffgenes)
en[[4]]
names(en)
然后小洁老师因为讲课时学员上课氛围良好，**而主动增加了授课时长。**讲解了ceRNA网路的数据挖掘，让我受益匪浅，我也想试着重复一下其它文章的图表。
自己随便找一篇文章复现图。
文章标题是：Comprehensive Analysis of Competing Endogenous RNA (ceRNA) Network Based on RNAs Differentially Expressed in Lung Adenocarcinoma Using The Cancer Genome Atlas (TCGA) Database
首先是下载数据
刚开始想用简便一点的办法，用TCGAbiolinks下载数据，飞快，但是卡在了expda这一步，重复了几次，dyplr也重新安装了，但是问题无法解决，一次运行超慢。遂用了复杂的办法，直接用gdc client下载，听课的时候没有跟着运行，自己跑起来一言难尽，也算是基本掌握了这个下载方式吧，其实也还行，就是下载数据比起上一个工具来，蜗牛一样慢。
代码语言：javascript复制Warning messages: 1: `select_()` is deprecated as of dplyr 0.7.0. Please use `select()` instead. This warning is displayed once every 8 hours. Call `lifecycle::last_warnings()` to see where this warning was generated.
我i还是不懂这个，明明没有选择miRNA数据，为什么作者说下载了594个样本，然后包含mRNA, lncRNA, and miRNA expression data？他用在线数据库做了CeRNA网络分析，这一点我又得去看下回放了，第一遍基本没起到什么作用，done.
下载完了数据，使用与作者一样的edgeR包取了差异基因，崩了，完全不一样，他“筛选了2551个差异表达的mRNA，包括2033个上调和518个下调，1359个差异表达的lncRNA，包括1185个上调和174个下调，99个差异表达的miRNA，包括78个上调和21个下调。”而我总共才3833个上调，772个下调（我猜测可能是因为上一步我取了594个样本数据的75％，而作者使用TCGA biolinks后并没有取这个值），不管了，继续往下，我还没有分类。
下面就是看看肿瘤样本和正常样本的差别怎么样，这好像有点差
差异基因后热图
热图和火山图拼到一起（画这个图卡死好几次，垃圾电脑口吐芬芳）
生存分析（年龄中竟然有好多缺失值？不过不是用年龄来分析，应该不要紧）
不，年龄中有缺失值还是影响了。那是1.删掉有缺失值的样本还是2.使缺失值在分组中也是缺失值呢？目前我两种方法好像都不会欸，找一找。
代码语言：javascript复制先是使用这个 meta3 = meta2[na.omit(meta2$age),]但是结果是少了30行确实数量是对的，但是并没有删除缺失值的行啊，删除了个什么？table(is.na(meta2$age))
meta2 = meta2[complete.cases(meta2$age),]
ok，成功
生存分析出图
行吧，因为前面删除了30个数据，后面又出了问题，exprSet还是535列，但是这就要涉及到exprSet的列名的前12个和meta的行名要对应起来，并且寻找出我之前删掉了哪些确实的不匹配的....饶了我吧，我已经预感到很多东西都出了问题，但是如果不删除缺失值，那么年龄分组缺失值不就没有组？难道还单独分出一个组放缺失值吗？也不行。
但是这个匹配又删除怎么搞.....
代码语言：javascript复制exprSet1 = exprSet
colnames(exprSet1)
rownames(meta)
library(stringr)
tmp = str_split(colnames(exprSet1),'-01A',simplify = T)[,1]
str_count(tmp,"TCGA")
str_locate(tmp,"TCGA")[,1]
table(tmp)
length(tmp)
colnames(exprSet1) = tmp
exprSet2 = exprSet1
###这样为什么不行？删除了25个是什么
exprSet2 = exprSet2[,rownames(meta) %in% colnames(exprSet2)=="TRUE"]
exprSet2 = exprSet2[,colnames(exprSet2) %in% colnames(meta1)]
table(rownames(meta) %in% colnames(exprSet2))
？最后发现不管怎样删除都不行了，数量为什么会不对等呢。
然后我直接返回前面去没有删掉缺失值不取年龄分组，然后继续做下去，发现也得不到后面的图，卒。
还需要进一步研究
小总结
首先我特别感谢Jimmy大大给了我这次跟着学习的机会，如果不是鼓起勇气发了一次邮件，可能我现在还在咸鱼，每天就打打酱油的度过研究生生涯。现在最起码有了一个清晰的目标，每天知道自己在干什么，应该干什么。抱紧大腿！！！
最大的感受：以前每天学习到了一点知识就觉得满足了，美其名曰每天进步一点点，现在就是“这哪够啊，一天时间太短了”。直观的体现：手机每天定时了6小时，以前每天超时，但是最近自打跟着Jimmy大大以来，到晚上还能剩下3小时，这都差不多能戒掉手机，从脑子里装满垃圾娱乐信息到知识？？
其次小洁老师太棒了，虽然很多时候听的云里雾里，但是重看一遍，加自己运行一下代码，其实一切都还ok，多看几遍就会觉得清晰明了，老师功底太强了，坑都提前说出来了，但是如果不掉进坑里，还是听不懂为什么这里有个坑哈哈~
简直是速成
确实得多看几遍！听这个数据挖掘的课跟下来还不错，代码运行不下去需要修改的地方在其他的流程中也能找到，只需要看懂代码，稍微改一下也是能改出来的。充实的一周，由完全不懂这个，到差不多能看懂，速成TCGA，太激动了，需要多加练习。
