使用PopLDdecay快速进行连锁不平衡分析

2020-08-10 17:25:24 浏览数 (1)

PopLDdecay是一个快速进行连锁不平衡衰减分析的工具，只需输入vcf文件就可完成所有分析，计算速度非常快。

首先，我们需要安装PopLDdecay。

代码语言：javascript复制

## 下载
git clone https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay.git
## 安装
cd PopLDdecay
chmod 755 ./configure
./configure
make
cd ./bin/
./PopLDdecay

出现上述界面时，PopLDdecay就安装好啦。

接下来，我们要计算LD Decay结果。

代码语言：javascript复制

## 计算LD Decay
./PopLDdecay -InVCF ./snp.vcf -MaxDist 1000 -OutType 3 -OutStat out

-InVCF：输入vcf文件。

-MaxDist：最长Decay距离。

-OutType：输出文件格式。

-OutStat：输出文件前缀。

更多参数含义可以看上图。

得到LD Decay结果后我们就可以绘制LD Decay图啦。

代码语言：javascript复制

## 绘制LD Decay图
 perl ./Plot_OnePop.pl -inFile snp.stat.gz -bin1 10 -bin2 100 -break 100 -output snp

-inFile：上一步计算生成的后缀为stat.gz的文件。

-break：距离小于break设置的值时，使用bin1计算R2，大于break设置的值时使用bin2计算R2。调整这三个参数，可以使我们的曲线变得平滑。

-output：输出文件前缀。

更多参数含义可以看上图。

除此之外，PopLDdecay还有许多个性化参数，大家在用到时可以查阅Manual使用。快拿自己的数据试试吧~

参考资料：

https://www.jianshu.com/p/a36bd4145ef7

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