Homer这个软件比较强大，主要做ChIP-Seq分析，除此之外，还可以做RNAseq以及microarray的分析，并且还可以计算共表达基因中的motif。
原文：http://homer.ucsd.edu/homer/motif/rnaMotifs.html
Analyzing Co-regulated Gene Lists for RNA motifs
主要用到homer中的findMotifs.pl命令：
findMotifs.pl可以分析基因的启动子，并寻找相对于其他启动子而言富含目标基因启动子的motif。即提供一个基因list的txt文件，例如受到某一处理上调的基因，特定于某种细胞类型的基因或出现在同一基因表达集合中的基因。
用法：findMotifs.pl downregulated.genes.txt human-mRNA MotifOutput/ -rna -len 8 3个需要设定的输入: A gene ID input file, the name of the promoter set (which is tied to an organism), and an output directory for all of the output files. 解释：输入文件downregulated.genes.txt为下调的gene list ，human-mRNA为promoter set，MotifOutput为输出文件夹 例子：
代码语言：javascript复制for sample in `ls *txt |cut -d '.' -f1`;do findMotifs.pl ${sample}.txt human ${sample}/ -start -400 -end 100 -len 8,10 -p 16 ;done结果：
image.png
相应的promoter或者genome安装： 查看可以安装的文件：perl /path-to-homer/configureHomer.pl -list 安装或者卸载： "-install <package name>" or "-remove <package name>". 如： perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human 安装promoter则需要加“-p”,除此之外还有-o：organism -g genome perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human-p
参考：http://homer.ucsd.edu/homer/microarray/index.html
