最近有朋友问起半同胞,全同胞,计算遗传力的问题,一般认为:
半同胞:
h2 = 4*Va/(Va Ve)
全同胞:
h2 = 2*(Vf Vm)/(Vf Vm Vfm Ve)
但也有书中写道:
全同胞:
h2 = (Vf Vm)/(Vf Vm Vfm Ve)
非常令人疑惑,于是我就多看了一些教材,发现是有一个万能公式的,即是考虑近交系数,整体结论:
这样,就可以理解上面的两种方法都是对的,针对的对象不一样而已,近交系数为0和为1时,计算遗传力的方法是不一样的。具体查阅的文献和总结如下:
今天我们介绍一下如何使用NC II 遗传设计估算配合力和遗传力。
1. NC II 遗传设计试验
将群体分为两部分,一部分是父本群,一部分是母本群
对两个群进行杂交,只进行群间杂交,不进行群内杂交
杂交方式示意图:
2. 模型
- y 是观测值
- Mu是截距
- Gca1是品种1的一般配合力
- Gca2 是品种2的一般配合力
- Sca 是特殊配合力
- e 是残差
3. 计算方法
Vm = Vf = 1/4 * Va
Va = 2*(Vm Vf)
Vd = 4*Vmf
在这里插入图片描述
4. sommer 软件包中的计算方法(可能有误)
来源:
https://cran.r-project.org/web/packages/sommer/vignettes/sommer.pdf
这里,其计算方法为:vgca1 = 0 ,vgca2 = 7.4122 ,vsca = 187.56 ,ve = 221.142
其计算Vgca时,将gca1和gca2合并,然后计算Va时,Va = 4*Vgca
公式总结:
广义遗传力
狭义遗传力
值得探讨的地方:
- 1,分子部分,如果是半同胞,才乘以4,如果是全同胞,应该是2*(gca1 gca2)
- 2,分母部分,表型方差组分应该是(gca1 gca2 sca e),不应该乘以4.
5. 一篇老文献提出的计算方法
这里提到的计算方法是:
广义遗传力
狭义遗传力
没有用2乘以分子,继续查找文献。
6. 红宝书中的计算方法
红宝书:玉米数量遗传学
计算方法:
当近交系数F=0时:
Va = 4gca1 = 4gca2 Vd = 4sca
假定gca1和gca2的方差组分是相等的,因此可以用4gca1或者4gca2代表Va,但如果gca1和gca2相差较大时,可以用折中的手段:Va = 2(gca1 gca2)。
书中还分为计算单株遗传力和小区遗传力,方法也有所不同。
7. 数量性状遗传分析的计算方法
主要结论:
近交系数F=0时
加显模型, 狭义遗传力
- 分子部分:2*(gca1 gca2)
- 分母部分:gca1 gca2 sca e
近交系数F=1时
加显模型, 狭义遗传力
- 分子部分:gca1 gca2
- 分母部分:gca1 gca2 sca e
8. 结论
F= 0时
F = 0 时,比如动物,林木中,包括收集的一些农家玉米种等群体,假设个体的近交系数为0,那么NC II的遗传力计算方法为:
F= 1时
F = 1 时,比如收集的玉米自交系(纯系),小麦品种(纯系),大豆品种(纯系)等,假定其近交系数为1.
注意:
- 这里的gca1,gca2表示的是亲本1和亲本2的一般配合力的方差组分
- sca 表示亲本1和亲本2之间特殊配合力的方差组分
- e表示残差的方差组分
如果对计算方法有疑问,欢迎留言讨论,谢谢关注。