1.写在前面
实验验证的数据库数据库其实和综述差不多。综述是基于一个主题检索相关文献,然后利用文字来进行来进行总结出这些文献的相关特点。而这类经过实验验证的数据库,第一步也是人工来检索相关的文献。第二步则把文献当中的相关信息,通过数据库的形式来呈现出来。这样的好处是我们可以得到作者作用检索的信息。
关于实验验证的数据库,之前也介绍过几个,具体的可以查看我们第二和第三条推送。今天给大家介绍的这个数据库是一个和肿瘤转移相关的lncRNA数据库: LncR2metasta(http://lncr2metasta.wchoda.com/)
2.数据库使用
这个数据库提供了两种可以使用的方法:
- 浏览模式:在这个模块下,我们可以浏览数据库某一个方面的所有信息。
- 检索模式:如果我们有目标的lncRNA,我们可以直接的进行检索
下面我们就简单的介绍一下这两个功能。
2.1 浏览模式
在浏览模式下,我们可以对基于lncRNA的类型或者肿瘤转移事件来进行检索。例如,假如我们想要查看肿瘤细胞侵袭相关的lncRNA。
在这一部分,我们可以看到关于这一分类的基本描述,和数据库拿到的lncRNA。
在和这一分类相关的lncRNA当中,我们可以看到lncRNA的基因名;相关研究的肿瘤以及lncRNA在不同数据库当中的ID号。进一步的,我们可以点击lncRNA的基因名,就可以看到具体的文献当中的描述了。在这一部分,我们可以看到关于这个基因在实验当中的信息包括:实验相关的信息;作用的基因以及文献当中的简单描述等等。
2.2 检索模式
如果我们有想要检索的lncRNA,那就可以这个模式下检索了。我们需要做的,就是:i)选择肿瘤转移事件; ii) lncRNA 类型;iii)输入想要检索的lncRNA。
例如我们这里输入:H19
同样的,结果也是以表格形式呈现的,我们点击相关的lncRNA。也是可以看到具体的文章信息。
3. 数据库使用场景
以上是数据库的基本使用方法,除了基本的使用场景。我们这里也提供几个想到的,可能用到的实验场景。
- 当我们在进行生信分析的时候,经常会得到很多的转移相关的lncRNA。如果我们想要找一个lncRNA进行下游实验的时候,那创新性还是要考虑的。肯定找一个没做过的最好的。这个时候,我们就可以使用这个数据库查一下我们获得的lncRNA是否有人做过。
- 假如我们在分析的时候,寻找到了几个肿瘤转移相关的lncRNA。那我们讨论的时候肯定要进行相关的介绍的。一般的讨论也是基于之前的文献进行讨论的,这个时候我们就可以使用这个数据库检索一下。如果有信息,那就可以利用数据库当中的描述了。
4. 写在后面
以上就是数据库的基本使用了,另外数据库提供了下载功能。我们可以把数据库当中的所有数据下载下来。下载的表格当中,包括的信息还是挺全的。这样方便我们批量的进行检索。