R科研绘图调色板—ggsci

2020-04-01 15:35:23 浏览数 (1)

ggsci是R中的一个包,提供了一系列颜色给ggplot2调色。里面包括了一些知名杂志期刊或者软件(甚至是知名科幻电影、动画等)的经典配色风格,对于科研绘图是相当有帮助的。下边介绍一下这个包的用法和内容,如果想要自己查看说明,可以在R中输入

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vignette("ggsci")

来快速查阅。 首先可以通过以下两种方式下载ggsci:

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# download ggsci package
install.packages("ggsci")

#install.packages("devtools")
devtools::install_github("nanxstats/ggsci")

下载下来后,可以用diamonds数据集来看配色效果:

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library(ggsci)
library(ggplot2)
library(gridExtra)

data('diamonds')

diamonds数据集的内容主要是:

image

由于原数据太大,将对数据进行一些筛选再进行作图,先用ggplot做出点图(scatter plot)和箱型图(boxplot):

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# 散点图
p1 = ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2),aes(x = table, y = price, colour = cut))   geom_point(alpha = 0.7)   geom_smooth(method = "loess", alpha = 0.05, size = 1, span = 1)   theme_bw()
p1

# 箱线图
p2 = ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2), aes(x = color, y = price, fill = color))   geom_boxplot(color = 'black')   theme_bw()
p2

散点图:

image

箱线图:

image

下面根据ggsci中的scale_color_xx或者scale_fill_xx(xx为杂志或者软件的名字)配色。

新英格兰杂志(NEJM):

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p1_nejm = p1   scale_color_nejm()

image

柳叶刀(Lancet):

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p1_lancet = p1   scale_color_lancet()

image

基因组可视化软件IGV:

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p1_igv = p1   scale_color_igv()

image

知名动画瑞克和莫蒂:

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p1_rick = p1   scale_color_rickandmorty()

image

科幻电影创战纪(Tron: Legacy):

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p1_tron = p1   theme_dark()   scale_color_tron()

image

还有一些别的配色没有展示,感兴趣可以自己查阅探索~

学习更多的生信/编程小知识,欢迎关注~

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