bedtools intersect可以对两个基因组特征 (genomic features) 进行overlap，找到两者重合的区域。比如求两个peaks的交集，或者看很多位点信息在没在peaks或其他区域中，用这个工具非常方便快捷。
默认用法为：
代码语言：javascript复制bedtools intersect [OPTIONS] -a <FILE>
-b <FILE1, FILE2, ..., FILEN>或者：
代码语言：javascript复制intersectBed [OPTIONS] -a <FILE>
-b <FILE1, FILE2, ..., FILEN>其中a和b提供的文件为BAM/BED/GFF/VCF格式。
下边举例几种常见用法：
1.默认
默认情况下取两个文件的交集区域：
代码语言：javascript复制cat A.bedchr1 10 20 chr1 30 40
代码语言：javascript复制cat B.bedchr1 15 18
代码语言：javascript复制intersectBed -a A.bed -b B.bedchr1 15 18
2.-wa -wb参数
-wa 输出有overlap区域的原-a文件中的内容：
代码语言：javascript复制intersectBed -a A.bed -b B.bed -wa输出： chr1 10 20
-wb会输出overlap的区域和其中-b文件中的内容：
代码语言：javascript复制intersectBed -a A.bed -b B.bed -wb输出： chr1 15 18 chr1 15 18
-wa -wb 输出overlap的区域所在-a和-b中的原内容：
代码语言：javascript复制intersectBed -a A.bed -b B.bed -wa -wb输出： chr1 10 20 chr1 15 18
3.-v 参数 -v输出在-a参数文件中没有overlap的区域：
代码语言：javascript复制intersectBed -a A.bed -b B.bed -v输出： chr1 30 40
4.-wo 输出overlap的长度：
代码语言：javascript复制 intersectBed -a A.bed -b B.bed -wo输出： chr1 10 20 chr1 15 18 3
此外还有一点要注意，假如是看两个位点是否一致，这里是不可以的，比如： C.bed： chr1 10 10 D.bed: chr1 11 11
代码语言：javascript复制intersectBed -a C.bed -b D.bed -wa -wb输出：chr1 10 10 chr1 11 11
也就是这里会认为是overlap的。但是，C.bed和D.bed第三列分别加1，即C.bed改成chr1 10 11, D.bed改成chr1 11 12，则不会有overlap了。
