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在mirdeep软件的分析结果中，会提供miRNA前体的二级结构，这个结果实际上是通过调用RNAfold来实现的，该软件是一个经典的预测RNA二级结构的软件，网址如下
http://rna.tbi.univie.ac.at//cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
官网提供了在线服务，只需要上传fasta格式的序列即可，示意如下
默认参数会输出以下两种二级结构
1. optimal secondary structure
最佳二级结构，保证对应的自由能最小，最小自由能简称MFE, 结果示意如下
2. centroid secondary structure
自由能表征改变这个结构需要注入的能量大小，对应的数值越小，该结构越稳定。
同时给出了可视化结果，示意如下
这个程序也是可以下载到本地运行的，基本用法如下
代码语言：javascript复制RNAfold < hsa.hairpin.fa -noPS > precursors.str-noPS参数代表不产生二级结构对应的postscript文件，这种文件可以转换为PDF格式，产生的str文件内容如下
>hsa-let-7a-1
UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA
(((((.(((..((((((((((((((((...(((.....))).((....))....))))))))))))))))..)))))))) (-35.60)采用dot-bracket表示法标记二级结构，上述用法只给出了最佳的二级结构预测结果和对应的自由能。
·end·
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