rules是circos中的一种黑魔法，可以在不改变数据的情况下，对展现形式进行调整。rules代表规则，本质上就是编程语言中的条件判断语句, 首先给定一个条件，当符合条件时，执行具体的行为。
基本示例如下：
<rule> condition = var(intrachr) show = no </rule>
condition定义的就是条件，示例中的show = no就是条件满足时需要执行的事情。
在定义condition时，有以下3种形式
1. condition = 1
这种写法表示条件永远成立，直接执行后面的行为即可
2. var
通过var获取对应字段的值, 这里的字段分成两种，一种是数据文件中的值，比如plots对应的数据文件都会有value值，另外一种是系统内置的，会自动计算的值，比如自动计算区间的长度，用size表示，常用字段有以下几种, 其中的n用于区分多个区域，比如link连接2个区域，第一个区域为1，第二个区域为2； 当只有一个区域时，比如highlights, plots中，就不需要添加n了
- CHRn
返回染色体的名字，示例用法
var(chr) eq "hs1" - STARTn
返回区域的起始位置, 示例用法
var(start) > 300 - ENDn
表示区域的终止位置，示例用法
var(end) < 500 - POSn
表示区域的中心点的位置，示例用法
var(position1) < 500 - SIZEn
表示区域的长度，示例用法
var(size1) < 5mb - REVn
links独有的字段，判断某个区域是否反向，如果起始位置大于终止位置，代表是反向的，返回值为1，否则返回值为0， 示例用法condition = var(rev1) - INV
links独有的字段，如果一个link连接的两个区域方向不同，一个正向，一个反向，返回值为1，其他情况返回值为0，示例用法condition = var(inv) - INTERCHR
links独有的字段，如果一个link连接的两个区域位于两条染色体上，返回值为1，其他情况返回值为0，示例用法condition = var(interchr) - INTRACHR
links独有的字段 ，如果一个link连接的两个区域位于同一条染色体上，返回值为1，其他情况返回值为0，示例用法condition = var(intrachr)
对于数据文件而言，可以在其中添加对应的系统属性，也可以添加自定义的属性，下面的例子展示了如何访问数据文件中定义的color和thickness属性
<rule> condition = var(color) ne “grey” && var(thickness) == 2 z = 5 </rule>
&&符号代表与的意思，只有两个条件同时满足时，才符合这个condition的条件。
3. 函数
共有下面9种函数
- conf
conf用于获取配置文件中设定的参数的值，示例conf(plots,color_alt), 返回值为plots这个block中，设定的color_alt参数的值 - on
on用于判断是否在某条染色体或者某段区间上，用法示例on(hs1) - within
within和on的作用类似，用法示例within(hs2,40Mb,80Mb) - between
links独有的函数，判断·是否在两条染色体之间，用法示例between(hs2,hs3) - fromto
links独有的函数，判断连线的方向，用法示例fromto(hs2,hs3) - tofrom
和
tofrom类似，只不过方向相反，用法示例tofrom(hs2,hs3) - from
links独有的函数，判断连线的起始位置，用法示例from(hs1) - to
links独有的函数，判断连线的终止位置，用法示例to(hs1) - chrlen
返回染色体的长度，用法示例
chrlen(hs1)
了解了条件如何定义之后，就需要看条件符合时，可以执行哪些行为。要定义一个rules的行为，必须结合其上下文环境。从下面的结构图可以看到，rules可以出现在ideogram, highligjts, plots, links这4种block 中。行为本质上就是可以调整的属性值，所以对于不同的block, 其属性值不同。
由于不同block下对应的参数特别多，就不具体展开了。对于每个block下对应属性的详细信息，可以翻阅之前的文章。
掌握了条件和行为的定义之后，理解单个rule的作用就没有问题了。但是rules是由多个rule构成，当多个rule放在一起是，其条件判断是怎么样的呢？
看一个例子
对于value = 1的点而言，其颜色最终是什么呢？
答案是red, 因为只要遇到第一个符合条件的rule之后，就不在判断后续的其他rules了。所以最终的颜色是红色。这种条件判断的逻辑实际上是由flow这个参数控制的
有个参数控制了多个rule存在时条件判断的逻辑，这个参数就是flow。
flow的取值有以下6种
- continues if true
- continues if false
- stop if true
- stop if false
- restart if true
- restart if false
默认值为continues if false, 只有当不符合当前条件时，才会判断是否符合下一个条件，对于上面的示例，如果想要点变成蓝色，只需要设置flow = continues if true 即可。
