IMGT/HLA数据库简介

2020-05-11 10:08:23 浏览数 (1)

IMGT/HLA 数据库收录了HLA不同Allel 的序列信息,网址如下

https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/

最近更新日期为2018年7月11号,版本为3.33.0, 数据库中收录的信息如下

1. 数据概览

数据库中主要收录了HLA I 型和II 型基因的Allel信息,此外,还包含了一些非HLA基因的Allel

2. HLA I 型

对于HLA-I 型基因,包含了经典的HLA-A, HLA-B, HLA-C 等基因,此外,还有部分假基因

3. HLA II 型

HLA II 型基因主要包含了DR, DQ, DP, DO, DM系列基因

4. 其他基因

包含了HFE, MICA, MICB, TAP1, TAP2这几个基因

对于不同的Allel, 除了WHO委员会指定的标准命名外,还提供了一个HLA编号,示意图如下

在如下链接中,可以查看每个allel的详细情况

https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/docs/version_r3330.html

带下划线的都是超链接,可以点击查看详细情况。以A*01:01:01:14为例,详细信息如下

该数据库还提供了FTP服务,用于下载不同Allel的基因或者蛋白序列,链接如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/ipd/imgt/hla/

在FTP中,提供了fasta, msf, pir等多种格式,通常下载fasta就可以了,同时提供了dna, rna, protein 3个不同水平的序列

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