highlights
用于展示基因组上特定的区域的分布,通常情况下,还需要展示不同区域之间的关联,比如融合基因,CNV等信息,这样的信息就通过links
这个block 进行展示。
links 用于描述两个区间之间的关系,其用法和highlights
类似, 示例如下
所有的link
都包含在 links
中,在links
下定义的属性是全局的属性,每个link
会继承全局属性, 也可以重新定义,覆盖掉全局的属性。
file
参数定义了用于展示的数据信息,有两种定义方式
1. 一行定义一对
文件共有6列,使用空格分隔;每一行表示一对有联系的区域,前3列和后3列分别定义一个区域
2. 两行定义一对
区间的定义和第一种格式类似,都是染色体,起始和终止位置;唯一不同的是在第一列增加了links ID, links ID 是唯一的,每两行代表一对有联系的区域
links的基本展示形式如下:
通过一段曲线将两个区域连接起来,可以看到,所有曲线的最外围位于同一个圆上。
radius
定义最外围的圆的半径,控制links 区域的大小, 用法如下 radius = 0.4r
;
color
定义了连线的颜色, 用法如下 color = black
;
thickness
定义了连线的粗细程度,用法如下 thickness = 1
;
z
定义了link的优先级,当连线重叠时,优先级越高的越先显示;
在links
中,外观上最需要调整的是曲线的弯曲程度,有3个参数控制曲线的弯曲程度:
- bezier_radius
- crest
- bezier_radius_purity
曲线采用了贝塞尔曲线的方式来构造, bezier_radius
定义了贝塞尔曲线的控制点的位置, 不设置这个参数时,连线是一条直线, 示意图如下:
crest
在bezier_radius
的基础上新增了两个控制点,示意图如
bezier_radius_purity
控制有效的bezier_radius
,示意图如下
除了上述的曲线外,links
还提供了ribbon
的展示形式,用法如下
生成的效果图:
在ribbon
的展示形式中,color
指定填充色,stroke_color
指定边框的颜色,stroke_thickness
指定边框的粗细。
以上就是links
的基本参数和使用方法。在links
中还可以结合rules
, 更加灵活的展示数据,在后续的文章中在详细介绍