我在生信技能树公众号发的《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》给初学者的六步系统入门R语言,知识点路线图如下:
- 了解常量和变量概念
- 加减乘除等运算(计算器)
- 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
- 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)
- 文件读取和写出
- 简单统计可视化
- 无限量函数学习
考虑到有几个细节知识点大家自学会有一点困难,我们生信技能树团队恰好有时间,就做几次公益授课,带领大家一起学习哈。已经有的一个是:免费Linux直播培训 ,带领了五百多朋友购买了云服务并且成功使用了,现在进去,还是可以看录播的,里面也有我整理的很多Linux学习资料哈!
我们还有一个《R语言公益课程之基础绘图》,虽然说绝大部分入门了R语言的朋友,都实际上根本不需要使用R语言的base函数绘图。但是其实这个绘图本身,也是可以有很多玩法。
课程需要的基础知识
需要自行看配套书籍《R语言之书》,理解下面的4个知识点单元:
- 了解常量和变量概念
- 加减乘除等运算(计算器)
- 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
- 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表) 差不多是需要把下面的400行代码在R里面运行一遍,理解它:
- https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/1-guozi-400.R
课程主要的内容
就是我在生信五周年演讲素材给出来了600行的基础绘图练习代码:https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/2-chunjuan-600.R
代码语言:javascript复制dev.new()新建画板
plot()绘制点线图,条形图,散点图.
barplot( ) 绘制条形图
dotchart( ) 绘制点图
pie( )绘制饼图.
pair( )绘制散点图阵
boxplot( )绘制箱线图
hist( )绘制直方图
scatterplot3D( )绘制3D散点图.
低级绘图函数:
par() 可以添加很多参数来修改图形
title( ) 添加标题
axis( ) 调整刻度
rug( ) 添加轴密度
grid( ) 添加网格线
abline( ) 添加直线
lines( ) 添加曲线
text( ) 添加标签
legend() 添加图例
上面提到的这些函数基本上都有一系列的绘图参数(坐标轴、图例,颜色,性状,大小,空白,布局) , 非常繁琐,想掌握,花费的时间会非常多,大部分人直接跳到ggplot的绘图世界了,不想搞那么多底层绘图代码。但是我看过一个底层R绘图集大成者,就Combining gene mutation with gene expression data improves outcome prediction in myelodysplastic syndromes文章的作者的github里面有。