用R语言的pheatmap 包画热图可以给行或者列添加注释，比如添加个分组信息
示例代码
代码语言：javascript复制test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")
annotation_col<-data.frame(group=factor(c(rep("A",5),rep("B",5))))
rownames(annotation_col)<-paste0("Test",1:10)
library(pheatmap)
pheatmap(test,cluster_rows = F,cluster_cols = F,
annotation_col = annotation_col)
image.png
但是如果添加多组注释信息的话，他的图例是从上到下依次排列，如果太多图例就会超过绘图边界，比如
代码语言：javascript复制annotation_col<-data.frame(group=factor(c(rep("A",5),rep("B",5))),
group_1=factor(LETTERS[1:10]),
group_2=factor(letters[1:10]),
group_3=factor(rep(c("CT1","CT2"),5)))
rownames(annotation_col)<-paste0("Test",1:10)
pheatmap(test,cluster_rows = F,cluster_cols = F,
annotation_col = annotation_col)
image.png
我有四个图例需要展示，但是这张图只出现了3个
当然可以通过增加图片的高度让第四个图例显示出来
但是如果注释信息再多也不能够一直拉长图片高度呀！
有一个办法是更改图例的大小，但是没有找到参数来调节。
还有一个办法是：现在图例的单列，能不能改为多列显示？也没有找到参数调节
还有一个办法是不用这个函数了，换ComplexHeatmap包中的Heatmap函数 示例代码
代码语言：javascript复制mat = matrix(rnorm(100), 10)
rownames(mat) = paste0("R", 1:10)
colnames(mat) = paste0("C", 1:10)
library(ComplexHeatmap)
Heatmap(mat)
column_ha = HeatmapAnnotation(foo1 = runif(10),
foo2=rep(c("A","B"),5),
foo3=rep(letters[1:5],2),
foo4=LETTERS[1:10],
foo5=letters[1:10],
foo6=LETTERS[1:10])
column_ha
Heatmap(mat,top_annotation = column_ha,
cluster_columns = F,
cluster_rows = F)
他的图例自动就换为两列了
调整图例的大小
https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/legends.html
但是具体的用法还得仔细看看。
