liftover基因组转换中的bed文件

今天用liftover做基因组转换的时候，hg38转hg19，所有的位点都转失败了。看到提示为“#Deleted in new”。一般这个错误为是由于hg19 (要转换的基因组) 中没有该区域导致的。但是这么多位点都没有，估计是提供的文件有问题了。

检查了一下，发现给的bed文件是这样的：

确实这个文件不怎么规范，bed文件第三列至少应该是第二列 1。不过之前做overlap的时候用intersectBed取交集，会默认第三列至少 1，所以对bed文件格式一直不太在意。（所以此处intersectBed可能会存在一个问题，比如某个位点位置为1000，相邻的为1001，但是intersectBed会认为这两个有交集，对于位点取交集还是最好用awk。）

将这个文件第三列修改为 1之后，转换基因组位置果然可以了。

代码语言：javascript复制

awk -F '{print $1"t"$2"t"$3 1}' original.bed > new.bed

bed文件格式还是要尽可能规范一些。

awk overlap

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