Journal: Frontiers in Ecology and the Environment (IF: 8.039)
First published: 03 January 2019
Abstract
采用机器学习automated content analysis (ACA)的方法收集了过去40年发表在33个顶级期刊的84841篇文章，分析生态学研究的发展趋势。结果发现经典理论的研究趋于减少，而数据密集型研究，包括微尺度和大尺度及人类相关的研究不断增加。微生物生态学、遗传学、生物地球化学、管理和政策的研究都相对增加。
提出三个问题：
研究都包含哪些主题；
这些主题如何变化；
由基础研究/综述，考察哪些主题被高估或低估。
研究主题 & 主题变化
对得到的所有46个主题进行NMDS分析如下图所示。
圆的大小表示文献中出现的频率。颜色表示随时间的变化趋势。36微生物生态像是个离群点，没有和其他点聚类到一块，且随时间变化不大。
1 – Modeling; 2 – Community processes; 3 – Behavior and sex; 4 –Biogeochemistry; 5 – Genetics; 6 – Landscape; 7 – Developmental; 8 – Community structure; 9 – Species distributions; 10 – Forests; 11 – Seasonal trends; 12 –Management and policy; 13 – Scales; 14 – Disturbance; 15 – Food webs; 16 –Movement; 17 – Paleoecology and biogeography; 18 – Physiography; 19 – Macroevolution;20 – Traits; 21 – Climate change; 22 – Aquatic environment; 23 – Life history;24 – Plant structure and productivity; 25 – Largescale patterns; 26 – Anthropogenic;27 – Survivorship; 28 – Gas flux; 29 – Cellular biology; 30 – Disease; 31 –Competition; 32 – Plant reproduction; 33 – Invasion; 34 – Conservation; 35 –Carrying capacity; 36 – Microbial ecology; 37 – Long-term trends; 38 –Herbivory; 39 – Stress; 40 – Plant physiology; 41 – Environmental patterns andprocesses; 42 – Population dynamics; 43 – Geospatial; 44 – Aquatic processes;45 – Population demographics; 46 – Agronomy
下图是对不同主题的变化趋势进行了排序。此图看起来更加直观，气候变化真的是很火。
哪些主题被高估或低估
横轴为基础研究数量，纵轴为综述数量。实线为两者1:1的情况。实线之上综述更多，实线之下基础研究更多。最突出的是26-人源研究及11-季节趋势。21-气候变化综述文章多于基础研究。36-微生物生态接近1:1.
作者还制作了Shiny app 可以自己挑选任意主题展示趋势的变化。
https://feilab.shinyapps.io/Ecol_Concepts/
PS：发现一篇很有意思的文章，来自于ecoinformatics
赖江山：生态学研究都在用哪些R程序包?
也是对文献进行收集，分析其中R包的使用情况。
一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士，深受拖延症的困扰。想给自己一点压力，争取能够不定期分享学到的生信小技能，亦或看文献过程中的一些笔记与小收获，记录生活中的杂七杂八。
