之前看到一个R包,可以计算物种数量;物种-丰度分布species-abundance distribution (SAD);种内空间的聚集程度;稀释曲线;种面积关系(TAR)及距离衰减规律(DDR)等。
主要分两大块功能:对物种SAD的模拟及分析。
SAD的模拟可用的分布有12种:c("lnorm", "bs", "gamma","geom", "ls","mzsm", "nbinom","pareto", "poilog", "power", "powbend","weibull")。
帮助文档写的很清楚了。这里只放一些图形化结果。感兴趣可以自行学习。
四种分布的模拟
模拟物种在空间中的聚集
物种积累和稀释曲线
物种多样性指数可视化。绿色和蓝色为基于Shannon和Simpson的有效物种数量(Effective number of species, ENS)
代码语言:javascript复制距离衰减DDR。相似性的计算和vegdist函数的相同。