之前分享了这篇文章
R语言可视化STRING分析的蛋白互作网络（PPI）
有一些朋友留言说在重复
net<-graph_from_data_frame(d=links,vertices=nodes,directed = T)
遇到了报错
Error in graph_from_data_frame(d = links, vertices = nodes, directed = T) : Some vertex names in edge list are not listed in vertex data frame
在这里记录一下原因和解决办法
R语言包ggraph可视化网络需要准备两个文件
- 一个是节点文件
- 另一个是节点之间的连线文件
比如我的网络是四个节点，分别是A,B,C,D,
节点之间两两连线
对应的数据应该是
代码语言：javascript复制> nodes<-data.frame(node=c("A","B","C","D"))
> edges<-data.frame(node1=c("A","A","A","B","B","C"),
node2=c("B","C","D","C","D","D"))
> nodes
node
1 A
2 B
3 C
4 D
> edges
node1 node2
1 A B
2 A C
3 A D
4 B C
5 B D
6 C D接下来是可视化
代码语言：javascript复制library(ggraph)
library(igraph)
net<-graph_from_data_frame(d=edges,vertices = nodes,directed = F)
ggraph(net)
geom_edge_link()
geom_node_point()
image.png
但是如果你的edges文件里出现了nodes文件里没有的节点，
比如我在向edges这个文件里添加一个C~E的边
代码语言：javascript复制df<-data.frame(node1="C",node2="E")
edges1<-rbind(edges,df)
edges1
node1 node2
1 A B
2 A C
3 A D
4 B C
5 B D
6 C D
7 C E接下来合并节点和边的时候就会遇到报错
代码语言：javascript复制> net<-graph_from_data_frame(d=edges1,vertices = nodes,directed = F)
Error in graph_from_data_frame(d = edges1, vertices = nodes, directed = F) :
Some vertex names in edge list are not listed in vertex data frame一种解决办法是把带E的这条边给他去掉。那如何判断边中哪个节点是多与的呢？
可以使用 %in% 来看
比如
代码语言：javascript复制> edges1$node1 %in% nodes$node
[1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
> edges1$node2 %in% nodes$node
[1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE
> which(edges1$node2 %in% nodes$node)
[1] 1 2 3 4 5 6
> which(! edges1$node2 %in% nodes$node)
[1] 7这就说明node2这一列第7行没有在 nodes里。
那我们就可以把这一行删掉了
还有一种办法是把E添加到节点里
代码语言：javascript复制df1<-data.frame(node="E")
nodes1<-rbind(nodes,df1)
nodes1
net<-graph_from_data_frame(d=edges1,vertices = nodes1,directed = F)
ggraph(net)
geom_edge_link()
geom_node_point()
image.png
关于string中蛋白互作网络输出文件为什么会出现
边文件中有的节点不是我们自己输入的基因id。这个我也不清楚。
我猜，完全是猜
比如你输入基因 a,b,c ，数据库中某个基因 d 刚好是链接这三个基因的中间点 就像这种，中间是d
那么最终的网络文件中就会多出来d 如果是这种情况，就不能在边文件删除d而是只能在节点中添加d了。
