LULU的文章中使用的是植物的数据来验证其有效性。这使得该方法是否真的适用于微生物存在疑问。恰好我之前做过真菌的mock community,可以拿来验证一下~~
图是我自己数据的结果,横线为理论物种数。
每个点都是一个样本,其中红点为Uparse方法得到的OTU计算的物种数,可以看出大部分明显都高于理论物种数。
黄点为使用LULU方法之后得到的物种数。Amazing!经过了curation过程,大部分样本的物种数都十分接近理论物种数!
蓝点为Unoise方法得到的OTU计算的物种数,
黑点为使用LULU方法之后得到的物种数。Amazing!Unoise同样得到了更准确的结果。
综合来看,unoise得到的假物种更多,经过LULU后uparse的结果优于unoise。
但是也发现一些样本经过LULU处理后物种数小于理论物种数。这也表明了LULU可能将一些比较相似和共现的不同物种错误的合在一起。