Journal: Frontiers in Microbiology
Type: Perspective Published: 07August 2019
Link: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2019.01820/full#h1
核心结果：微生物OTU的数量与采样方法（grid, random, 或representative）关系不大，而随着采样量的增加不断增加。
方法
收集了之前的454数据，mothur质控，USEARCH97%聚类OTU。重抽数5,529。在此基础上采用三种采样方法：
Representative sampling：不同土地利用方式、不同土壤性质及气候条件兼顾。共取得144个样本。
Grid：保持和Representative相同的测序深度。样本按照网格的位置取得151个样本。
Random sampling：保持和Representative相同的测序深度。从1798个样本随机抽取144个。过程重复10次取平均。
OTU按照序列丰度占整个数据集的大于/小于0.001%划分为common/rare物种。
结果
样本量和OTU的关系。实线为rare物种。虚线为common物种。在仅有4%的样本时common物种已经不再增加。点是grid采样方法，线为random采样方法。几乎没有差别。红色的点和线为增加采样量的结果，可以更快的得到较多的物种数。
不同采样方法之间rare OTU差异很大，而common OTU几乎没有差异。
建议
在给定的区域内需要较高的样本数量，即减少样本之间空间上的距离，增加样本个数来得到更多的rare OTU。
挖一个坑：
本文虽然揭示了样本量的重要作用，但是并没有很多具有实际指导意义的定量结论。采样的尺度、所用的方法到底会对结果造成什么影响、是否混样以及测序深度对结果的影响尚不明确。此外本文对common和rare物种的定义也是值得商榷的。OTU的聚类方法也值得讨论。在此先挖一个坑，以后会有答案~
END
