昨天我们讲解了进化树构建的数据下载以及利用mega进行数据的比对：进化树构建的基本过程（上）。今天我们就来讲解一下如何利用利用mega构建简单的进化树。
PART3 最优模型选择
点击Data中的Phylogenetic Analysis，然后返回主页面。
点击MODELS中的Find Best DNA/Protein Models(ML) ，软件会根据你的数据帮你计算寻找最适合的模型，提高建树的精确度。
参数默认即可
运行界面如下，序列较多时，分析时间较长，闲的话可以去跑个PCR......
运行后结果如下。最重要的是BIC（BayesianInformation Criterion），越低代表模型越好。在这里就可以看到，BIC分数最低的模型是JTT G，但软件不支持组合模型，所以我们选择单个模型中BIC分数最小的，此处为JTT。
PART4
建树
好，下面开始建树~
点击Phylogeny构建进化树，有多种建树方法，适用情况自行摸索哈，此处选择NJ邻接法建树。
弹出设置窗口，没有什么要求时默认即可。
Test of Phylogeny（建树的检验方法），是用来检验建树的质量的。默认的检验方法是Bootstrp method （步长检验）。步长检验需要设定检验次数，通常为100的倍数，默认设置为500，通常1000次以上较为可靠，这里设置1000。
Model处选择上文计算好的JTT。
Gap/Missing Date Treatment，大多数建树方法会要求删除多序列比对中含有空位较多的列。但是根据遗传距离度量方法的不同，删除原则不同。如果是以序列间不同残基的个数来度量遗传距离的话，选择Complete deletion；如果其他方法例如NJ，可以选择Partial deletion，程度约50%。
噔噔噔~~进化树就出来啦！
首先出来的是Original Tree（原始树），是步长检验构建的 1000 株树中的一株，未经过多棵树合并，所以树枝的长短可以精确代表遗传距离，即进化的距离远近。
Bootstrap consensus tree（步长检验合并出来的树），只反映进化关系，树枝的长短与遗传距离无关。
节点处的数字表示，经步长检验有百分之几的树具有这根树枝，即，反应了该树枝的可信度。当前构建的这株系统发生树中，绝大多数节点处的数值都是≥70 的话，这株树整体上就是可信的。
如果觉得树太中规中矩，
可对树的形状进行调整。
可以看出基因名字过长，是因为基因序列导出后，未对基因名做简化处理，大家可以将导出的fasta格式以文本文件打开，将多余字符删除，只保留想要信息即可；当然，忘了处理的，在序列导入MEGA后也可对基因名进行编辑，双击下图所示位置就可以啦！
View:可以更改枝的线条，字体样式等。
Image:输出图片。
Caption:单击后生成文献中该图的标题、备注说明，使用到的文献等，这个功能很好用，写文章会需要的。
最后记得将建树结果保存为.nwk格式，这个结果保存很重要哦，下次直接双击就可进入MEGA对其操作。
以上是对于进化树的简单构建，如果我们要做出好看的进化树的话，还是推荐使用TBtools或者如果有R语言基础的可以尝试ggtree。
