Multi-Stage Prediction Networks for Data Harmonization

2020-06-03 11:30:49 浏览数 (2)

论文题目:Multi-Stage Prediction Networks for Data Harmonization (MICCAI19)

背景

由于图像采集缺乏标准化,数据协调(data harmonization)的目的是为了消除因扫描仪,中心或采集协议的规格而引起的差异。现有的方法往往针对每个设备训练一个单一网络,由于数据集比较少,所以往往会导致过拟合,而且未能充分利用多个预测任务之间的协同作用,因为这些预测任务通常是紧密相关的。而多任务学习允许模型集成来自多个平台的数据信息,为DH训练数据缺乏提供了一个强大的解决方案。

主要贡献

本文第一次将多任务学习引入数据协调,其目标是在不同的采集平台和站点之间协调图像,整合不同数据信息,提高模型的预测性能和学习效率。作者提出了一种多阶段预测(MSP)网络,即一个多任务学习框架,该框架将不同结构的神经网络(针对不同的个体采集平台进行训练)整合到一个统一的架构中。MSP将预训练好的单任务网络的高层次(high-level)特征作为额外网络的输入来指导最后的预测,用任务之间的冗余来充分利用有限的训练数据。

数据集

协调的数据由10位志愿者在三台不同的扫描仪上得到,分别为3T General Electric scanner,Prisma scanner,Connectom scanner,并有两种不同的协议(standard (st) protocol,state-of-the-art (sa) protocol),得到以下四种不同的数据,单目标网络将ge_st作为输入,分别预测其他三组图像。

数据预处理

对于得到的raw data先进行配准和归一化操作,随后从归一化数据信号中估计得到的6阶 real-and-symmetric SH deconvolution的28个系数作为分离的通道(不知道怎么翻译,给出原文We employed [17,18] where the 28 coefficients of the 6th order real-and-symmetric SH deconvolution were estimated from the normalized raw signal considered as separate channels of our data.)

网络结构

把预测图像记为(I_{ij},i=1,dots,P-1,j=1,dots,N),输入图像记为(I_{0j}),其中N为图像数量,P为不同的设备数,(Tin {1,dots,P-1})为目标输出。文中的网络以(P=4,T=1)为例来说明。从上图的左半部分可以看到,对于单任务来说,要训练P-1个网络(hat{y}_{T}=N_T(x))。右半部分,先选择了P-1个最先进(SOAT)的预训练好的单一网络,作为多阶段网络(MSP)的第一阶段预测,即(hat{y}_{T}^1=N_i(x),i=1,dots,T)。若(i neq T),把网络(N_i)的最后一个feature map记为(z_i),并构造新的网络(N_{iT}),第二阶段将(z_i)作为输入(利用其他平台的信息),再与第一阶段得到的(hat{y}_{T}^1)进行线性结合来预测目标设备T的最终结果,即:

损失函数也分为两阶段,文中用的是MSE,分别为:

实验结果

文中作者分别对比了一些有代表性的单任务网络与多任务网络,如下:

总结

这篇论文中,作者主要运用了多任务学习的方法,如多阶段预测MSP如何提高DH中深度学习的预测能力,以及如何改进目前最先进的单一网络方法。

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