liftOver转换坐标并保留bed文件所有信息

当我们有一套这样的数据，并且想进行坐标转换的时候：

运行如下代码：

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liftOver human.bed ~/liftover/hg19ToHg38.over.chain.gz human_hg38.bed  unmap

这里会报错： Reading liftover chains Mapping coordinates invalid signed integer: " "

第四列及后边存在制表符和空格等都会报错，但是我们需要后边的信息怎么办呢？

这里我们可以用":"或者其他字符将制表符和空格替换掉，然后运行liftOver：

代码语言：javascript复制

sed -i 's/t/:/g' human.bed
sed -i 's/ /#/g' human.bed
liftOver human.bed ~/liftover/hg19ToHg38.over.chain.gz human_hg38.bed  unmap

替换之后文件如下：

这样就可以运行liftOver了，最后得到转换过的坐标文件之后，将:和#再替换回来即可。

coordinates integer mapping 数据

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