在遗传学中，当两个基因相互作用然后导致对应性状的出现，说明两个基因间存在相互作用。在之前的文章中，介绍了很多的基因相互作用模型，列表如下
- 互补作用
- 积加作用
- 重复作用
- 上位作用
- 抑制作用
其中上位作用研究的作为广泛，作为GWAS研究中使用的最广泛的工具，plink当然也支持上位作用，即Epistasis的分析，有以下两种方式
1. fast-epistasis
这种用法适合case/control 二分类的表型，原理和Allele水平的GWAS分析一样，基本用法如下
代码语言：javascript复制plink
--bfile input
--fast-epistasis 输出结果示意如下
2. epistasis
这种用法适用范围广，case/control还有连续表型都适用，通过线性回归或者逻辑回归来进行分析，基本用法如下
代码语言：javascript复制plink
--bfile input
--epistasis 输出结果示意如下
当SNP位点的数量很多时，两两相互作用分析的计算量是很大的，为了加速运行，plink支持拆分后并行，用法如下
当然，以上只是基本用法，还是有很多的参数可以调整，更多的细节请参考官方文档。
