GreeNC:植物lncRNA数据库

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GreeNC数据库收录了植物和藻类的lncRNA信息，网址如下

http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page

该数据库中的lncRNA是软件预测的结果, pipeline示意如下

利用RNA_seq数据组装得到转录本之后，再进行以下几个筛选步骤

1. 挑选长度大于200nt的转录本；
2. 挑选ORF长度小于360nt(蛋白质小于120个氨基酸)的转录本；
3. 和swiss-prot蛋白数据库比对，挑选没有比对上的转录本或者采用CPC软件预测蛋白编码潜能，挑选预测结果为non-coding的转录本，取两种方法的并集作为候选的lncRNA;
4. 和miRBase，Rfam数据库比对，挑选没有比对上的转录本作为最终的lncRNA

对于预测到的lncRNA序列，通过Repeatmasker软件分析其中的重复元件。所有预测的lncRNA， 又分为以下两类

1. high confidence
2. low confidence

和swissport没有比对结果，CPC软件预测为non-coding, 没有比对上miRBase和Rfam数据库，同时符合这3点条件的lncRNA, 归类为high confidence，如果只满足其中2个条件，归类为low confidence; 还有一种情况，如果一个lncRNA的重复元件比例太多，也被归类为low confidence。

目前该数据库收录了49个物种的lncRNA信息，以水稻Oryza sativa为例，检索结果如下所示

默认只展示5个lncRNA信息，通过右下方的more，可以查看完整结果，示意如下

1. Genes

2. Transcripts

该数据库预测lncRNA的策略较为严格，值得我们借鉴。

·end·

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