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本文解读的文献标题如下
Exon-intron circular RNAs regulate transcription in the nucleus
网址如下
https://www.nature.com/articles/nsmb.2959
最初实验验证过的环状RNA都是只由exon反向剪切构成的，定义为exonic circRNA, 在本文中，科学家发现了一种新的环状RNA,在该环状RNA中除了外显子外，还保留了内含子序列，可以称之为exon-intron circRNAs, 简称ElciRNAs。这类环状RNA存在于细胞核内，可以与U1 snRNP这种RNA结合，正向调控父本基因的转录过程。
1. 环状RNA识别
首先通过CLIP技术，将RNA II型聚合酶结合的RNA序列抓取下来，通过生物信息学分析，在这些序列中识别到了111个环状RNA, 对于其中丰度最高的15个环状RNA， 通过RNase R酶处理样本，然后设计引物扩增出了对应的条带，证明了这些环状RNA真实存在，结果如下
进一步挑选其中两个环状RNAcircEIF3J和circPAIP2，通过northern blotting和RT-PCR来探究其结构，结果如下
发现都存在intron区的序列，这些包含内含子的环状RNA, 和之前报告过的可以作为miRNA sponge的环状RNA和只由外显子构成的环状RNA都不同，作者将它们定义为一类新的环状RNA,并通过FISH荧光原位杂交技术分析了其细胞定位，结果如下
发现它们位于细胞和中，考虑到这些环状RNA和RNA II型聚合酶的结合，作者认为它们具有调控转录的功能。
2. 环状RNA功能验证
通过设计siRNA，敲低circEIF3J和 circPAIP2的表达，发现父本基因对应的表达量也随之降低，结果如下所示
3. 环状RNA结合蛋白分析
通过RNA pull down实验，分析了circEIF3J和circPAIP2能够结合的蛋白，结果如下
可以看到能够结合的蛋白很多，通过chip等实验手段排除了其他几种蛋白外，作者将目光锁定在了U1 SnRNA上，通过FISH检测其细胞定位，结果如下
发现环状RNA和u1 snRNA同时出现在细胞核内，进一步认为二者存在可能的相互作用，后续又通过进一步的实验证明，ElciRNAs可以与U1 snRNP结合，形成的复合物与RNA II型聚合酶在父本基因的启动子结合，从而增强父本基因的表达，发挥出一个正向的调控功能，模型如下所示
本文不仅发现和定义了一种新的环状RNA, 即同时包含了exon和intron的ElciRNAs, 还对其功能进行了探索，发现了其调控父本基因表达的生理机制。
·end·
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