肿瘤免疫治疗是一个近年来研究得非常火热的领域，取得了多项突破性的进展，免疫检查点抑制剂PD-1/PD-L1抗体在晚期实体瘤患者的治疗中取得了明显收益，嵌合抗原受体T细胞疗法CAR-T在血液肿瘤的治疗上也疗效显著，多项肿瘤疫苗也批准上市。
肿瘤疫苗是通过机体识别肿瘤特异性抗原（tumor specific antigen,TAS)或者肿瘤相关抗原（tumor associated TAA）来激活抗原呈递细胞，引起特异免疫应答反应来杀伤肿瘤细胞。TAA和TAS都可以作为肿瘤疫苗的靶点，但是TAA不仅在肿瘤细胞中表达，在正常组织和细胞中也会表达，可能引发免疫耐受机制，从会影响TAA疫苗的治疗效果。
TSA也称之为肿瘤新抗原neoantigen, 是由肿瘤细胞的体细胞变异产生的一种异常蛋白。异常蛋白降解形成短肽，被以树突状细胞（DC cells）为主的抗原提呈细胞antigen-presenting cells(APCs)识别，符合主要组织相容性复合物MHC（在人中称之为HLA）结合基序的短肽被T细胞表面因子捕获从而引发机体的抗肿瘤免疫反应，图示如下
新抗原通过MHC分子结合，从而被T细胞受体T-cell receptor(TCR)识别，引发免疫应答反应。
结合NGS和生信分析，可以快速预测肿瘤新抗原。通过肿瘤样本的外显子测序，可以筛选得到可以产生异常蛋白质的突变位点，进而得到突变之后的蛋白质序列，然后结合HLA分型和MHC亲和力预测分析，筛选可以被MHC结合的突变蛋白，从而预测肿瘤新抗原。在进一步结合体外实验验证，筛选阳性的新抗原。
随着肿瘤新抗原检测和预测技术的不断发展，基于新抗原的免疫治疗也取得了突破性进展，在后续文章中会详细介绍相关软件的使用。
