TIMER:肿瘤浸润免疫细胞分析的综合网站

TIMER是一款肿瘤浸润免疫细胞组分分析软件，输入肿瘤样本的基因表达谱数据，预测每个肿瘤样本中浸润的免疫细胞组成，支持以下6种免疫细胞的分析

1. B cell
2. CD8 T cell
3. CD4 T cell
4. Macrophage
5. Neutrophil
6. Dendritic cell

通过该软件对TCGA中的肿瘤样本的表达谱数据进行分析，将肿瘤浸润的免疫细胞与基因的表达量，基因突变，体细胞拷贝数变异等数据相关联，所有的结果整理成了一个综合性的网站，网址如下

https://cistrome.shinyapps.io/timer/

对应的文章链接如下

http://cancerres.aacrjournals.org/content/canres/77/21/e108.full.pdf

该网站分成了以下几个模块

1. Gene

查看TCGA不同肿瘤中，免疫细胞以及肿瘤纯度与基因表达量的相关性，结果示意如下

2. Survival

利用浸润的免疫细胞和基因表达量等信息进行生存分析，给出了cox回归模型的公式，示意如下

生存曲线示意如下

3. Mutation

探究肿瘤免疫细胞浸润与体细胞突变的相关性，利用是否包含该基因的突变将肿瘤样本分为野生型和突变型两类，比较两类样本间浸润的免疫细胞分布情况，结果示意如下

4. SCNA

探究肿瘤免疫细胞浸润与体细胞拷贝数的相关性，通过该基因的拷贝数情况将样本分为四类，比较四类样本间浸润的免疫细胞分布情况，结果示意如下

5. Diff Exp

比较肿瘤样本和正常组织中基因表达量的差异，结果用箱体图展示，示意如下

6. Correlation

分析肿瘤样本中基因表达量的相关性，结果示意如下

7. Estimation

上传自己的基因表达谱数据，利用TIMER算法预测样本中免疫细胞的组分，示意如下

上传的表达谱文件内容如下

软件的输出结果示意如下

TIMER不仅仅可以预测肿瘤样本的免疫细胞浸润情况，还可以TCGA不同肿瘤中免疫细胞浸润与基因表达，体细胞突变/拷贝数变异等的关联，功能强大，其分析的思路也值得借鉴。