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ENCODE是Encyclopedia of DNA Elements的缩写，是由美国人类基因组研究中心NHGRI赞助的一项国际化的合作项目，通过整合DNA, RNA，蛋白质，表观修饰等多个层次的数据，旨在建立一个全面的人类基因组数据研究的数据库。
如下图所示，整合了不同组学的数据
随着不断发展，后来又陆续整合了modENCODE等多个项目的数据，对数据库进一步扩充，增加了小鼠，果蝇，线虫等数据。该项目的所有数据可以通过以下链接进行查询
https://www.encodeproject.org/
点击Data->Matrix按钮，可以看到如下所示的结果，在左侧的筛选框可以根据多种条件进行筛选
筛选完成后，点击右侧矩阵中的数字，可以查看筛选到的数据集。以转录因子CTCF的chip_seq数据为例，结果如下
对于每个数据集，提供了以下结果
1. 基本信息
给出了数据类型，样本对应的细胞系和组织类型，测序平台等基本信息，示意如下
2. 分析的pipeline
提供了该数据集所用的分析流程的描述文档，示意如下
3. 相关文件
包含了测序的原始序列和分析的结果文件，可以下载，示意如下
ENCODE不仅仅是一个公共数据库，除了提供数据检索和查询服务，还提供了不同组学数据分析的标准pipeline和各种质控标准以供参考，链接如下
https://www.encodeproject.org/pipelines/
利用ENCODE,我们可以开展基于公共数据库的数据挖掘，也可以参考其pipeline进行数据分析。
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